Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 1,449,631 | T→C | intergenic (+144/‑45) | RPPX_06395 → / → RPPX_06400 | chemotaxis protein/thiol:disulfide interchange protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 1,449,631 | 0 | T | C | 99.4% | 1164.8 / ‑4.1 | 328 | intergenic (+144/‑45) | RPPX_06395/RPPX_06400 | chemotaxis protein/thiol:disulfide interchange protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (153/173); minor base A (2/0); total (155/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
TCTGAGTCGGCGGGTGGTCGCCAGGACAGGTGTAGCAACTGAAGAGGGTTTGACGTGATATGTGTTGCGTCTGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAATTATTCCTGTGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGCCCCAGCGCCACCCTTGGCGCCGCTTCGC > CP009974/1449483‑1449778 | tCTGAGTCGGCGGGTGGTCGCCAGGACAGGTGTAGCAACTGAAGAGGGTTTGACGTGATATGTGTTGCGTCTGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAATTATTCCTgcgc < 2:1785270/151‑1 (MQ=255) aggcggcggGTGGTCGCCAGGACAGGTGTAGCAACTGAAGAGGGTTTGACGTGATATGTGTTGCGTCTGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAATTATTCCTGCGCATcc < 2:2775787/148‑1 (MQ=255) gTCGGCGGGTGGTCGCCAGGACAGGTGTAGCAACTGAAGAGGGTTTGACGTGATATGTGTTGCGTCTGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAATTATTCCTGCGCATCCg > 1:3249304/1‑151 (MQ=255) 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tCCTACGTTTGTTTCGGGCCAATTATTCCTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGc < 2:557391/151‑1 (MQ=255) ccTACGTTTGTTTCGGGCCAATTATTCCTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGcc < 2:2441624/151‑1 (MQ=255) cTACGTTTGTTTCGGGCCAATGATTCCTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGccc < 2:116931/151‑1 (MQ=255) aCGTTTGTTTCGGGCCAATTATTCCTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTCCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGCCAACCGccccc > 1:3792776/1‑150 (MQ=255) cGTTTGTTTCGGGCCAATTATTCCTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGCCCCAg > 1:4003165/1‑151 (MQ=255) 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aaTTATTCCTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGCCCCAGCGCCACCCTTGgcgc > 1:4360620/1‑151 (MQ=255) attattCCTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGCCCCAGCGCCACCCTTGGcgcc < 1:4785708/151‑1 (MQ=255) attCCTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGCCCCAGCGCCACCCTTGGCGCCGCt < 2:2340422/151‑1 (MQ=255) ttCCTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGCCCCAGCGCCACCCTTGGCGCCGCtt < 1:3747436/151‑1 (MQ=255) tCCTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGCCCCAGCGCCACCCTTGGCGCCGCTTc < 1:4514783/151‑1 (MQ=255) ccTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGCCCCAGCGCCACCCTTGGCGCCGCTTCg < 2:4644664/151‑1 (MQ=255) cTGCGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGCCCCAGCGCCACCCTTGGCGCCGCTTCGc > 1:3358652/1‑151 (MQ=255) | TCTGAGTCGGCGGGTGGTCGCCAGGACAGGTGTAGCAACTGAAGAGGGTTTGACGTGATATGTGTTGCGTCTGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAATTATTCCTGTGCATCCGTTATCATGCCGGGCACGTTCCACCTCGCGAGTCCGCCATGCGCCGCCTGTTTTTCATGCTGTTCCTGCTGCTGGCCAGCCCTGCCTTCGCCGCAGGCCTGCTCGACAACCGCCCCAGCGCCACCCTTGGCGCCGCTTCGC > CP009974/1449483‑1449778 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |