| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 382,181 | T→C | intergenic (+317/+212) | RPPX_01535 → / ← RPPX_01540 | guanine permease/5‑hydroxyisourate hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 382,181 | 0 | T | C | 97.6% | 559.1 / 2.7 | 206 | intergenic (+317/+212) | RPPX_01535/RPPX_01540 | guanine permease/5‑hydroxyisourate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base C (103/97); total (107/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
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CGCAAATCCCACTGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCGGTGGTGGACACACATGTCGGGGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATGCAAAAAACAGCA > CP009974/382033‑382326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |