Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 382,193 | T→C | intergenic (+329/+200) | RPPX_01535 → / ← RPPX_01540 | guanine permease/5‑hydroxyisourate hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 382,193 | 0 | T | C | 97.8% | 482.3 / ‑0.0 | 183 | intergenic (+329/+200) | RPPX_01535/RPPX_01540 | guanine permease/5‑hydroxyisourate hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base C (90/87); total (93/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCGGTGGTGGACACACATGTCGGGGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATGCAAAAAACAGCAGACGAAAAAAAGCC > CP009974/382045‑382340 | tgtgTCAAATTGCCTGAAACAGACGTAGGAGTTACTATCTTGCTTATTATTGTAAAGGTCTGCGCGGTCCCCTCGTATGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCAc < 2:2793219/148‑1 (MQ=17) tGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCAc < 1:3073970/151‑1 (MQ=255) gCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCAcc < 1:2578575/151‑1 (MQ=255) 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cgcCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCGGTGGTGGACACACATGTCGGGGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATGCAAAAAACAGCAGACGAAAAAAAGcc > 2:4074112/1‑151 (MQ=255) | TGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCGGTGGTGGACACACATGTCGGGGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATGCAAAAAACAGCAGACGAAAAAAAGCC > CP009974/382045‑382340 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |