Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 5,105,383 | 2 bp→AA | coding (468‑469/1359 nt) | RPPX_22650 ← | benzene 1,2‑dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 5,105,383 | 0 | G | A | 92.6% | 219.1 / 12.6 | 135 | L157L (CTG→TTG) | RPPX_22650 | benzene 1,2‑dioxygenase |
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* | CP009974 | 5,105,384 | 0 | G | A | 92.6% | 219.4 / 13.0 | 135 | F156F (TTC→TTT) | RPPX_22650 | benzene 1,2‑dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/5); new base A (54/71); total (59/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GTTGCCTTCGTAGATGTACGAGCTGGCACCGCGCAGCACTTCCAGGCCTTCAGGCGACTGATCGACGATCATGTCGATGATCTTCGCCGACTCGCCCAGGTGCTCGACCAGTGGTTTCACATCGGCATTCAGACTGCCAAACAGGAAGCCCCGGTACGACTCGAATCGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGCCGTGGAACGGGCAG > CP009974/5105240‑5105531 || gTTGCCTTCGTAGATGTACGAGCTGGCACCGCGCAGCACTTCCAGGCCTTCAGGCGACTGATCGACGATCATGTCGATGATCTTCGCCGACTCGCCCAGGTGCTCGACCAGCGGCTTCACATCGGCGTTCAGGCTGCCGAACAAAAAGccc < 2:2447120/151‑1 (MQ=1) gTTGCCTTCGTAGATGTACGAGCTGGCACCGCGCAGCACTTCCAGGCCTTCAGGCGACTGATCGACGATCATGTCGATGATCTTCGCCGACTCGCCCAGGTGCTCGACCAGCGGCTTCACATCGGCGTTCAGGCTGCCGAACAAAAAGccc < 2:2449157/151‑1 (MQ=1) ctccacgcAGCACTTCCAGACCGTCCGGCGACTGGTCGACGATCATGTCGATGATCTTCGCCGACTCGCCCAGGTGCTCGACCAGTGGTTTCACATCGGCATTCAGACTGCCAAACAGGAAGCCCCGGTACGACTCGAATCGTTCCACCtt > 2:1941651/6‑151 (MQ=1) tccacgcAGCACTTCCAGGCGGTCCGGCGACTGGTCGACGATCATGTCGATGATCTTCGCCGACTCGCCCAGGTGCTCGACCAGTGGTTTCACATCGGCATTCAGACTGCCAAACAGGAAGCCCCGGTACGACTCGAATCGTGCCACCTTg < 2:3053862/147‑1 (MQ=1) tccacgcAGCACTTCCAGACCGTCCGGCGACTGGTCGACGATCATGTCGATGATCTTCGCCGACTCGCCCAGGTGCTCGACCAGTGGTTTCACATCGGCATTCAGACTGCCAAACAGGAAGCCCCGGTACGACTCGAATCGTGCCACCTTg > 1:3908769/5‑151 (MQ=1) ccacgcAGCACTTCCAGACCGTCCGGCGACTGGTCGACGATCATGTCGATGATCTTCGCCGACTCGCCCAGGTGCTCGACCAGTGGTTTCACATCGGCATTCAGACTGCCAAACAGGAAGCCCCGGTACGACTCGAATCGTGCCACCTTgg > 1:3929407/4‑151 (MQ=1) ggacgtCCGGGCCTCCAGGCGACTGATCGACGATCATGGCGATGACCTTCGCCGCCCCGCCCAGGTGCTCGACCAGCGGCTTCACATCGGCGTTAAGGATGAAGAAAAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTc < 2:2219530/146‑1 (MQ=0) gcgctgccAGACCGTCCGGCGACTGGTCGACGATCATGTCGATGATCTTCGCCGACTCGCCCAGGTGCTCGACCAGTGGTTTCACATCGGCATTCAGACTGCCAAACAGGAAGCCCCGGTACGACTCGAATCGTGCCACCTTGGTCAGGTc < 2:3610142/145‑1 (MQ=1) 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ccaTGGGCGTTCAGGCTGCCGAACAAAGAGCCCGGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGa < 2:5388972/150‑1 (MQ=14) caTCGGCGTTCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGaa > 1:5338875/1‑151 (MQ=14) aTCGGCGTTCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAAc < 1:2946515/151‑1 (MQ=14) cGGCGTTCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGt < 1:4401847/151‑1 (MQ=14) gcgttCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTcc > 1:1972256/4‑151 (MQ=14) gcgttCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTcc < 1:2730738/148‑1 (MQ=14) cgttCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCa > 1:132092/3‑151 (MQ=14) gttCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGATCGTcgtg > 2:3337609/2‑148 (MQ=14) gttCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAg < 1:1926972/150‑1 (MQ=14) ttCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGc > 1:2577512/1‑151 (MQ=14) ttCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGc < 2:324767/151‑1 (MQ=14) tCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGcc > 1:3131597/1‑151 (MQ=14) tCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGcc < 1:4989441/151‑1 (MQ=14) tCAGGCTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGcc < 1:4170435/151‑1 (MQ=14) aggcTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGCCGt < 1:2582547/148‑1 (MQ=14) aggcTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGCCGt < 1:5041301/148‑1 (MQ=14) ggcTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGCCGTg < 2:1288994/149‑1 (MQ=14) gcTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGCCGTgg < 1:3605870/150‑1 (MQ=14) gcTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGCCGTgg < 1:2422155/150‑1 (MQ=14) cTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGACTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGCCGTGGa > 1:5394675/1‑151 (MQ=14) cTGCCGAACAAAAAGCCCCGGTACGACTCAAAACGTGCCACCCTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGCTCTTTCACCTCCCGCAGTTTGCCACTGTTGTTGAACGTCCAGCCGtcgc > 2:3116007/1‑148 (MQ=14) gaGGCAGTCCCGGTACGCCTCAGACCGTGCCGCCCTGGTCGGGTCGGGGGAGCCGCCGCAGTTGCAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCGGGGGTCTTTCAGCTGCCGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAGCGTCCAGCCGTGGAACGTGCAg < 2:3294490/150‑1 (MQ=14) || GTTGCCTTCGTAGATGTACGAGCTGGCACCGCGCAGCACTTCCAGGCCTTCAGGCGACTGATCGACGATCATGTCGATGATCTTCGCCGACTCGCCCAGGTGCTCGACCAGTGGTTTCACATCGGCATTCAGACTGCCAAACAGGAAGCCCCGGTACGACTCGAATCGTGCCACCTTGGTCAGGTCGTGGGAGCCGTCGCAGTTGAAGCTGTCGGGGTAGCCGGCGTTGCTGGGGTCTTTCACCTTCAGCAGTTTGCCGCTGTTGTTGAACGTCCAGCCGTGGAACGGGCAG > CP009974/5105240‑5105531 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |