| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 2,336,379 | (C)10→9 | intergenic (‑343/+12) | RPPX_10460 ← / ← RPPX_10465 | EVE domain protein/5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 2,336,370 | 0 | C | . | 88.1% | 874.3 / 111.9 | 221 | intergenic (‑334/+21) | RPPX_10460/RPPX_10465 | EVE domain protein/5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/17); new base . (94/99); total (103/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TCAACGTAAAAAGCCGGATCTGCTGTGGATCCTGGTGTTCATTTTTGGCCTGGGTGTGGTCACTACCGGTTATGCGCAAGGCTTCTGGGAGCGCAAGCTGGACAACGCCTATCAGATGCCGGTCGACGCCAGCCAGCCACAACGTTGATA‑CCCCCCCCCCGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCTCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCCAGCAGCAATGGTTTTTTCCAG > CP009974/2336220‑2336520 | tCAACGTAAAAAGCCGGATCTGCTGTGGATCCTGGTGTTCATTTTTGGCCTGGGTGTGGTCACTACCGGTTATGCGCAAGGCTTCTGGGAGCGCAAGCTGGACAACGCCTATCAGATGCCGGTCGACGCCAGCCAGCCACAACGTTGATA‑c < 1:70704/151‑1 (MQ=255)tCAACGTAAAAAGCCGGATCTGCTGTGGATCCTGGTGTTCATTTTTGGCCTGGGTGTGGTCACTACCGGTTATGCGCAAGGCTTCTGGGAGCGCAAGCTGGACAACGCCTATCAGATGCCGGTCGACGCCAGCCAGCCACAACGTTGATA‑c < 1:3481026/151‑1 (MQ=255) aaCGTAAAAAGCCGGATCTGCTGTGGATCCTGGTGTTCATTTTTGGCCTGGGTGTGGTCACTACCGGTTATGCGCAAGGCTTCTGGGAGCGCAAGCTGGACAACGCCTATCAGATGCCGGTCGACGCCAGCCAGCCACAACGTTGATA‑ccc > 1:2618691/1‑151 (MQ=255) 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gccagccaCAACGTTGATA‑‑CCCCCCCCCGCTGGCGCCGCCCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGGCCGAGACCGGGCCCCGCAGCGGGACATCCCCACTCGCCTGCGCCAGCCGCCCCGCCCTCTCGCACTCCTGCGCCACCCCccgc > 1:3689628/1‑151 (MQ=255) gagccgaaaCGTTGCTA‑‑CCCCCCCCCGCGGGGGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTGCCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCACAACTGGCCTGCGCCAGCCGCTCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCcagcag < 2:2355247/144‑1 (MQ=255) cagccaCAACGTTGATA‑‑CCCCCCCCCGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCTCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCcagcag < 2:3896642/151‑1 (MQ=255) cagccaAAACGTTGCTA‑‑CCCCCCCCCGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCTCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCcagcag < 2:740204/151‑1 (MQ=255) agccaCAACGTTGATA‑CCCCCCCCCCGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCTCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCcagcag < 1:3445392/151‑1 (MQ=255) gccaCAACGTTGA‑C‑CCCCCCCCCCGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCTCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCCAgcagca < 2:1580651/151‑1 (MQ=255) ccaCAACGTTGATA‑‑CCCCCCCCCGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCTCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCCAGCAGCaa < 2:1649911/151‑1 (MQ=255) ccaCAACGTTGATA‑‑CCCCCCCCCGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCCCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCCagcagcca > 1:3153732/1‑149 (MQ=255) cacaACGTTGATA‑‑CCCCCCCCCGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCTCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCCAGCAGCAAt < 2:3183458/151‑1 (MQ=255) cacaACGTTGATA‑‑CCCCCCCCCGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCCCGACCCTCTGGCATTCATGCGCCCGCCCCCGCAGCaaa > 2:1895250/1‑150 (MQ=255) 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tGATA‑‑CCCCCCCCCGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCTCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCCAGCAGCAATGGtttttt < 1:2503376/151‑1 (MQ=255) ttgagccccccccccGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCTCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCCAGCAGCAATGGttttt < 2:4613532/146‑1 (MQ=255) | TCAACGTAAAAAGCCGGATCTGCTGTGGATCCTGGTGTTCATTTTTGGCCTGGGTGTGGTCACTACCGGTTATGCGCAAGGCTTCTGGGAGCGCAAGCTGGACAACGCCTATCAGATGCCGGTCGACGCCAGCCAGCCACAACGTTGATA‑CCCCCCCCCCGCTGGCGCCGCTCAACGTGGCGCCAGGTACCAGCCACGGTCCGAGACCGTGCCCTGCAGCGGAACATCCCAACTGGCCTGCGCCAGCCGCTCGACCTTCTGGCATTCATGCGCCAGCCCCAGCAGCAATGGTTTTTTCCAG > CP009974/2336220‑2336520 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |