| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009974 | 3,297,191 | +G | coding (158/921 nt) | RPPX_14685 ← | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 3,297,188 | 1 | . | G | 91.5% | 785.1 / 69.6 | 236 | coding (161/921 nt) | RPPX_14685 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (12/8); new base G (102/114); total (114/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
GGGTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GGGT‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGA > CP009974/3297038‑3297333 | gggTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCa < 2:3400595/151‑1 (MQ=255) ggTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑g < 2:1089590/151‑1 (MQ=255) tctcGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gggg > 2:5167722/1‑150 (MQ=255) ctcGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑ggggg < 1:1020094/151‑3 (MQ=255) ctcGGGGCTGGCAGCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGGAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑ggggg < 2:2647189/151‑3 (MQ=255) ggggCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCCTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gggg‑gggg > 2:1945869/1‑150 (MQ=255) gggCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTAGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gggg‑ggggt < 2:1055745/151‑3 (MQ=255) ggCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gggg‑ggggta < 1:4255348/151‑4 (MQ=255) gCTGGCAGCCCGGCTCGCCGCACGGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTGTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gggg‑ggggtac < 2:4499147/151‑5 (MQ=255) cTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gggg‑ggggtaca < 1:3875107/151‑6 (MQ=255) cTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gggg‑ggggtaca > 1:3000275/1‑146 (MQ=255) cTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGAAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gggg‑ggggtaca < 1:2956232/151‑6 (MQ=255) tCCAGCCTCACGGCACGGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGc < 2:1674262/151‑1 (MQ=255) cAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGcac > 1:4023125/1‑151 (MQ=255) aGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGcaca < 2:3979773/151‑1 (MQ=255) ccTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACAtt > 2:1560288/1‑151 (MQ=255) cTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACAttt < 2:1745629/151‑1 (MQ=255) aCGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCg > 1:2988057/1‑151 (MQ=255) aCGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GGGGGGGGTACAGAACGCACATTTTCg > 2:3639343/1‑151 (MQ=255) cGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCgg > 1:639859/1‑151 (MQ=255) gcgcTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGgtg < 2:1178691/148‑1 (MQ=255) cACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGgtgt > 2:782292/1‑151 (MQ=255) cTGAGTGGCAAGTTCACCGAATCGACCATGTAATGCAGCGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGTTTTTGCTGCCTTGGTCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACAGTTTCGGTGTaa > 2:98325/1‑151 (MQ=255) tGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAAc < 2:149943/151‑1 (MQ=255) tGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAAc < 2:3893984/151‑1 (MQ=255) tGGCAAGGGCGCCGAAACGACCATGTAAGGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCAc < 2:3715523/151‑1 (MQ=255) ggCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCAcc > 2:4561929/1‑151 (MQ=255) gCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCa > 2:3095921/1‑151 (MQ=255) gCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCa > 1:1731454/1‑151 (MQ=255) aaGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAgg > 1:1871362/1‑151 (MQ=255) tCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACa > 1:2318953/1‑151 (MQ=255) cACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAg < 1:5094152/151‑1 (MQ=255) aaCGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATc < 2:4136566/151‑1 (MQ=255) aaCGACCACGTAATGCAGGGGGTCGTAGGCGGACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GGGGGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATc < 1:1001267/151‑1 (MQ=255) cGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGa < 1:3170292/151‑1 (MQ=255) gACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGAt > 2:3108907/1‑151 (MQ=255) ccATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATgg < 1:4363193/151‑1 (MQ=255) aatatagtGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGGCCGTCACCCAAGAACAGGCTTTTGCTGCCTTAGGCAAGGATGCAAAGGGCAGGATGCTCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGc < 1:3645955/144‑1 (MQ=255) tGTAATGCAGTGGGTCGTGGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCg < 2:2356436/151‑1 (MQ=255) cAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTgg < 2:156960/151‑1 (MQ=255) cAGTGGGTCGCAGGCGTACTGCTCGTCACCCCGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GGGGGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTgg < 1:3176775/151‑1 (MQ=255) aGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTggg > 2:1984390/1‑151 (MQ=255) aGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTggg > 2:2297410/1‑151 (MQ=255) tGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGcc > 2:2487005/1‑151 (MQ=255) ggTCGTAGGCGTACTGGTCGTCACCCAGGAACAGGCTGTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCGCAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GGGGGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCaa < 2:5134429/151‑1 (MQ=255) gTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCaaa < 1:597690/151‑1 (MQ=255) gTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCaaa < 2:2896967/151‑1 (MQ=255) gTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCaaa < 2:4055607/151‑1 (MQ=255) gTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCaaa < 1:4217378/151‑1 (MQ=255) tCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAg > 1:2905925/1‑151 (MQ=255) gTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GGGGGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGACAAAggg > 1:24410/1‑151 (MQ=255) tAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCCAAGGGc > 1:4093096/1‑151 (MQ=255) tAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGc < 1:1975388/151‑1 (MQ=255) aGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAGGGGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGc > 1:772518/1‑151 (MQ=255) gCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGGGTACCGCACCAGGGATAGGTCATCGATGGCCGATGCTGCGCCAACGGGCTcc > 2:3263245/1‑150 (MQ=255) gTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGcc > 1:4734815/1‑151 (MQ=255) tGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GGGGGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCa > 1:382259/1‑151 (MQ=255) tGCTCGTCACCCAGGAACAGGCCTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGCGTAACGCACCCGGTAGAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGcc > 2:4658102/1‑150 (MQ=255) cTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATg < 2:2819624/151‑1 (MQ=255) cTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATg < 2:878083/151‑1 (MQ=255) tCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATgg > 1:4968412/1‑151 (MQ=255) tCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATgg < 1:4788433/151‑1 (MQ=255) ccAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGa > 1:219235/1‑151 (MQ=255) ccAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGa > 1:2636941/1‑151 (MQ=255) ccAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGa > 1:3620208/1‑151 (MQ=255) ccAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GGGGGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGa > 2:3462479/1‑151 (MQ=255) ggAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCa > 2:1877240/1‑151 (MQ=255) ggAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCa < 1:1399516/151‑1 (MQ=255) ggAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCa > 2:4797446/1‑151 (MQ=255) gAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAg < 2:2988057/151‑1 (MQ=255) cAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTc < 1:1335896/151‑1 (MQ=255) aGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCg < 2:1799096/151‑1 (MQ=255) ggCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCgg < 2:614732/151‑1 (MQ=255) ggCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCgg < 1:83102/151‑1 (MQ=255) gCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATTAGCTCGGc > 1:3714551/1‑151 (MQ=255) cTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGcc < 2:22335/151‑1 (MQ=255) cTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGcc > 1:4897981/1‑151 (MQ=255) tttgGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCa < 1:1480041/151‑1 (MQ=255) ctgcCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGGACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGAGCAGCTCGGCCAGCTcc > 1:3477786/1‑151 (MQ=255) ctgcCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAGCGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTcc < 2:4350049/151‑1 (MQ=255) ctcgcTTGGGGAAGCAGGCCCAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACACAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTcc < 2:4922108/147‑1 (MQ=255) cggcgttGGGCAAGGGGGCACGGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCa < 2:1391353/146‑1 (MQ=255) ccTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAgg > 2:3564756/1‑151 (MQ=255) ttGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGgcg > 1:4950449/1‑151 (MQ=255) tGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGgcgc > 2:2060050/1‑151 (MQ=255) tGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGgcgc < 1:3395751/151‑1 (MQ=255) gggCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCt > 1:965119/1‑151 (MQ=255) gCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGc > 1:2251564/1‑151 (MQ=255) gggATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GGGGGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGt < 2:1538169/150‑1 (MQ=255) ggATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGtt > 1:2807204/1‑151 (MQ=255) gATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTc < 1:3608392/151‑1 (MQ=255) gCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAg < 1:4561929/151‑1 (MQ=255) cacaGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAgg < 1:331630/151‑1 (MQ=255) caGGGCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGt < 1:1651551/151‑1 (MQ=255) gggtgggCTGCGCCA‑‑GGGGGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTAGAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGtcg < 2:4980209/146‑1 (MQ=255) ggggAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTGCAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGtcg < 2:4703853/151‑1 (MQ=255) ggCAGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGtcgg > 1:3117622/1‑151 (MQ=255) gCAGGCTGCGACAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGtcggt < 1:1743426/151‑1 (MQ=255) aGGCTGCGCCAG‑GGGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCCGGCCCAGCAGTTCCAGGGtcggttc > 1:3434008/1‑151 (MQ=255) cgcCA‑‑GGGGGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGa > 1:2218376/1‑151 (MQ=255) | GGGTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GGGT‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGA > CP009974/3297038‑3297333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |