| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1896077 = | 2578 (9.800) | 482 (2.050) +CGCGAAAGTGGATGTC |
105/268 | 3.0 | 28.5% | intergenic (‑3855/‑4742) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| ? | CP009974 | = 1898007 | 134 (0.510) | intergenic (‑5785/‑2812) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1528 total aligned reads displayed.
TCACACCTTTGAGAACCTGGAACTGGGTGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTAGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGC > CP009974/1897858‑1898148 | gccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgacggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTc < 2:2031875‑M2/57‑1 (MQ=255) ccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCa < 2:4090612‑M2/58‑1 (MQ=255) gtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACt > 2:1916710‑M2/106‑151 (MQ=255) gtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACt > 2:3016829‑M2/106‑151 (MQ=255) tcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTgacat > 2:1766272‑M2/91‑149 (MQ=255) tcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACtt < 1:4853505‑M2/61‑1 (MQ=255) cggtctgcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatcccgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGGCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTg > 1:1237870‑M2/90‑151 (MQ=255) cggtcagcttgaagtacggctccgagtggttgttgaccggcaagccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtgaccgaaggGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTg < 2:537735‑M2/48‑1 (MQ=255) cggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTg < 1:1404327‑M2/62‑1 (MQ=255) cggtcagcttgaagtacagctccgagggggtgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTg > 1:1485697‑M2/104‑151 (MQ=255) ggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttggtcggcaggccgtctttattggtcggcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccgTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGgtgacatcc < 1:2724362‑M2/63‑5 (MQ=255) ggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGa > 2:2730518‑M2/89‑151 (MQ=255) ggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgacggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGa > 2:4197845‑M2/89‑151 (MQ=255) ggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGgtgtcggtgacatcc > 2:250745‑M2/89‑144 (MQ=255) ggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTCACTTGa < 2:5084538‑M2/63‑1 (MQ=255) ggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGa < 1:4250835‑M2/49‑1 (MQ=255) ggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGa < 1:2404177‑M2/49‑1 (MQ=255) gtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccatctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgcctTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGaa < 2:1631192‑M2/64‑1 (MQ=255) 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atcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCaa > 2:1322281‑M2/55‑151 (MQ=255) tcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCaaa < 2:4644109‑M1/77‑1 (MQ=255) ccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGAc > 1:2784809‑M1/67‑151 (MQ=255) cgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGAcc > 1:4766251‑M1/66‑151 (MQ=255) cgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGAcc < 2:3719628‑M2/107‑1 (MQ=255) 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acggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTa > 1:1852999‑M1/12‑151 (MQ=255) cggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCGCAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAg < 1:5054267‑M1/141‑1 (MQ=255) ggGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGa > 2:391428‑M2/3‑151 (MQ=255) ggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACg < 2:235251‑M1/144‑1 (MQ=255) gtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGt > 1:153690‑M1/7‑151 (MQ=255) tGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTc > 1:921442/1‑151 (MQ=40) cgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATc > 1:2955726‑M1/3‑151 (MQ=255) gGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCg > 1:5132222‑M1/2‑151 (MQ=255) CAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTGCCAGGTTCTCACAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGAGCTGGCCTGAGTCCTGGGAGACGGCATCGccc < 1:4178639‑M1/151‑1 (MQ=255) AGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCt < 1:2344172‑M1/151‑1 (MQ=255) gCTTGGCCACCACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCGCCCAGTTCCAGGTTCTCGAAGGTGTGACCGTCTACATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCAGCGTCCTGGTAGACGTCATCGccttg > 1:1670176/1‑148 (MQ=11) ttGGCCACCACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCGCCCAGTTCCAGGTTCTCGAAGGTGTGACCGTCTACATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCAGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCTtgcg < 1:1135559/151‑3 (MQ=11) TTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCtgtg < 1:3445733‑M1/151‑1 (MQ=255) gCCACCACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCGCCCAGTTCCAGGTTCTCGAAGGTGTGACCGTCTACATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCAGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGcgt > 1:646664/1‑151 (MQ=11) CACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGcgtcg > 1:1752444‑M1/1‑151 (MQ=255) ACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTggg > 1:412080‑M1/1‑151 (MQ=255) TTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGgtg < 1:3382747‑M1/151‑1 (MQ=255) CGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGggtgtc < 2:1687381‑M1/151‑2 (MQ=255) CGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTa > 1:2569129‑M1/1‑151 (MQ=255) CGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTa > 1:3208793‑M1/1‑151 (MQ=255) tcgAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACg < 2:4398300/151‑1 (MQ=33) ggAGGGTGTCGGTCACTTGAGCCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTAAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGCCGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACgg < 1:4951743/150‑1 (MQ=9) | TCACACCTTTGAGAACCTGGAACTGGGTGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTAGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGC > CP009974/1897858‑1898148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |