| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 1897308 | 16 (0.060) | 563 (2.260) | 124/284 | 1.8 | 98.1% | intergenic (‑5086/‑3511) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| ? | CP009974 | 1897966 = | 7 (0.030) | intergenic (‑5744/‑2853) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1342 total aligned reads displayed.
CCAGATCAGTCTGGGCATCACGTCCGCTGTGGATATAGACGGTCACACCTTTGAGAACCTGGAACTGGGTGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTAGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGAC > CP009974/1897816‑1898115 | cgccgaaccggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACggg > 2:1837841‑M2/137‑151 (MQ=255) gccgaaccggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAgggg > 1:3568687‑M2/136‑151 (MQ=255) aaccggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgaaggGGTGGc > 2:851754‑M2/146‑151 (MQ=255) aaccggtggtgctgttggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggGGTGGc > 1:4771211‑M2/146‑151 (MQ=255) aaccggtggtgctgttggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggGGTGGc < 1:4026869‑M2/6‑1 (MQ=255) accgttggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgaccgaaggGGTGgcg > 2:373486‑M2/145‑150 (MQ=255) accggtggtgctgttggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGgcg < 1:4612446‑M2/21‑2 (MQ=255) cgttggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgaccgaaggGGTGGCGGt > 1:1700454‑M2/143‑151 (MQ=255) cggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgcgtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGt > 1:3256346‑M2/129‑151 (MQ=255) cggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcaccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGt < 2:3844085‑M2/23‑1 (MQ=255) cggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGt < 1:1134543‑M2/23‑1 (MQ=255) cggtggtgctgttggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTAGGTCACCGAAGGGGTGGCGGt < 2:4384944‑M2/23‑1 (MQ=255) ttggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgaccgaaggGGTGGCGGTCa < 1:220401‑M2/11‑1 (MQ=255) gtggtgctgttggctgccacggcgacggtggtgccggcggtcagcttggagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCa < 2:4749342‑M2/25‑1 (MQ=255) gtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCa < 1:3364788‑M2/25‑1 (MQ=255) tggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggcgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAg > 2:4029842‑M2/126‑151 (MQ=255) tggtgctgttggccgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgtagtaaagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgttttcaccgccttcggtgaccgaaggGGTGGCAGTTAg > 2:254180‑M2/140‑151 (MQ=255) gggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAg < 2:664063‑M2/26‑1 (MQ=255) 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gtggtcgctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgcgggacagctcggagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgaaggGGTGGCGGTCAGCTTgg < 2:3003321‑M2/17‑1 (MQ=255) ctgttggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTgg > 1:969861‑M2/121‑151 (MQ=255) ctgttggccgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtaaagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtgaccgacggGGTGGCAGTCAGCTTgg > 1:301847‑M2/135‑151 (MQ=255) tgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcaccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGTTTGGc > 1:1818791‑M2/120‑151 (MQ=255) ttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCa < 2:2095287‑M2/34‑1 (MQ=255) tggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCAc < 2:1454770‑M2/35‑1 (MQ=255) ggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACg > 1:877998‑M2/116‑151 (MQ=255) tgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACt < 1:3108389‑M2/39‑1 (MQ=255) tgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACt > 1:2686795‑M2/127‑151 (MQ=255) ggccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcaccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGTTTGGCCACCACt < 2:1161980‑M2/39‑1 (MQ=255) gccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACtt < 2:1719283‑M2/40‑1 (MQ=255) ccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTtc < 1:1314017‑M2/41‑1 (MQ=255) ccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTtc > 1:762143‑M2/125‑151 (MQ=255) acgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcaccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGTTTGGCCACCActtcac < 2:2651187‑M2/43‑3 (MQ=255) acgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTtcgt > 2:228326‑M2/123‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |