| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1898984 = | 132 (0.500) | 506 (2.870) +CGACTCGGTCGACGCCACCACCGCGACCCTGACGGCGAGCCCGTCAGTC |
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| ? | CP009974 | = 1899234 | 558 (2.120) | intergenic (‑7012/‑1585) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1949 total aligned reads displayed.
AGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGAAATCTGGCCCCCGTCGATG > CP009974/1899084‑1899382 | aGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGt < 2:5061320/151‑1 (MQ=255) aCGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTa < 2:2842155/151‑1 (MQ=255) aCGTCATCGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTa < 2:1369903/151‑1 (MQ=255) tCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGc > 1:640425/1‑151 (MQ=255) aTTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgac > 1:2256061‑M2/1‑144 (MQ=255) ttGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTg < 2:2423049/151‑1 (MQ=255) gCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggc > 1:4265827‑M2/1‑140 (MQ=255) gCCGGGGTCTGGAACTCAACGCTGCCCTGGGTTTTTCCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTATCGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggc > 1:1732836‑M2/1‑140 (MQ=255) cGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctc > 2:4516637‑M2/1‑138 (MQ=255) ggggTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcg < 1:771860‑M2/151‑15 (MQ=255) ggggTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgac > 1:960728‑M2/1‑137 (MQ=255) ggggTCGGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTGACCCGCTTCAACGGTGATGATCTTGCCGGTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAgg < 1:1572922/151‑1 (MQ=255) gAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAgg < 2:1921933/151‑1 (MQ=255) aagTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcaggg > 1:3558365‑M2/1‑128 (MQ=255) aTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtc < 1:1187395‑M2/151‑26 (MQ=255) cGCTGGCCTGGGTTTTGCCCGCTTCGAGGGTGAGGGGCTGGCCGTGGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCggt < 2:3893441/151‑1 (MQ=255) cccTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCTCGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCggtggtgg > 1:1916891/1‑151 (MQ=255) ccTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCggtggtggc < 2:1259047/151‑2 (MQ=255) ccTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggc > 1:1829905‑M2/1‑115 (MQ=255) tGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGgtgt > 2:4857831/1‑151 (MQ=255) gggTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtc < 1:4186747‑M2/151‑40 (MQ=255) ggctttACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGC‑TCGCCGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCg < 1:3489509/148‑1 (MQ=255) ggTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGC‑TCGCCGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCg < 2:3369236/151‑1 (MQ=255) gTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGa < 2:1184696/151‑1 (MQ=255) cAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGTCGTCTAccgagtcgttgat < 1:1449694‑M2/151‑14 (MQ=255) cGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgt < 2:3036687‑M2/151‑58 (MQ=255) ggTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtg < 1:4919158‑M2/151‑59 (MQ=255) ggTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgaccgtg < 1:4044488‑M2/151‑18 (MQ=255) tGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggt < 2:1658537‑M2/151‑61 (MQ=255) tGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgacggtcgggctggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgctcgtggt < 2:4966362‑M2/151‑61 (MQ=255) gATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTCA‑CGCTTGGCGAGGc > 2:2749629/1‑105 (MQ=255) gATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCA‑CGCTTGGCGAGGc < 1:2749629/105‑1 (MQ=255) tGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgtccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctg > 1:5049157‑M2/1‑88 (MQ=255) tGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctg > 1:4356690‑M2/1‑88 (MQ=255) 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ggTGGAGGTGATCACGCCGCCGTCGGTgaccgacgggctcgcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtg > 2:3805821‑M2/1‑27 (MQ=255) tgtAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatggtgac > 2:1090626‑M2/1‑25 (MQ=255) tgtAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatggtgac > 2:1756791‑M2/1‑66 (MQ=255) tAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcggg > 2:2950501‑M2/1‑64 (MQ=255) aggtgATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgt < 1:3835429‑M2/38‑19 (MQ=255) aaGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgc < 1:4526443‑M2/126‑64 (MQ=255) tGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcccgtggcgttctcgatggtgacgctgac < 1:4814858‑M2/151‑92 (MQ=255) tGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatagtgacgctgac < 1:4729159‑M2/151‑92 (MQ=255) gATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatagtga > 1:513746‑M2/1‑59 (MQ=255) cACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtgacgctgacggtc < 1:3341035‑M2/151‑137 (MQ=255) cACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAcc > 2:2171629‑M2/1‑56 (MQ=255) aCGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttc < 1:44662‑M2/129‑75 (MQ=255) 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gccgccTTCGGTCA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGAAATCTGGccc > 2:5125385/1‑151 (MQ=255) ccgccTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcgggggcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtgacgctgacggtcgaac < 2:1843377‑M2/151‑141 (MQ=255) cgccTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtgacgctgacggtcgagcc > 1:1306334‑M2/1‑10 (MQ=255) cTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattac > 1:3933234‑M2/1‑7 (MQ=255) cGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtgacgctgacggtcgagccgttgtt > 1:876801‑M2/1‑4 (MQ=255) cGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcccgtggcgttctcgatggtgacgctgacggtcgagccgttgtt > 1:2648148‑M2/1‑45 (MQ=255) gTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtc > 1:5225765‑M2/1‑2 (MQ=255) gTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtc < 2:5225765‑M2/41‑40 (MQ=255) gTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagtt < 1:697310‑M2/91‑49 (MQ=255) | AGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTA‑CGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGAAATCTGGCCCCCGTCGATG > CP009974/1899084‑1899382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |