| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 1,896,433 | 0 | A | G | 69.8% | 431.9 / inf | 548 | intergenic (‑4211/‑4386) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/83); new base G (201/181); total (284/264) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 559 total aligned reads displayed.
GTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGGGTCGTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTC > CP009974/1896283‑1896580 | taCGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCGGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCAGGGATGCCCGGCTCGTCGGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAAc > 1:4721994/2‑151 (MQ=25) taCGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCGGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCAGGGATGCCCGGCTCGTCGGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAAc > 1:2014652/2‑151 (MQ=37) cacaGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAGGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACTTTGACCAAGTCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAAc > 1:2336299/1‑151 (MQ=17) acagTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAGGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACTTTGACCAAGTCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACt < 2:3145438/148‑1 (MQ=17) acagTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAGGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACTTTGACCAAGTCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACt > 1:2930554/4‑151 (MQ=17) aCGGTGGAGGTTGGCGTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGGCGTGATGGTCACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACt < 2:1525073/151‑1 (MQ=25) cGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCGGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCAGGGATGCCCGGCTCGTCGGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACtt < 2:1909675/151‑1 (MQ=37) ggTGAAGGTTGGCTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTg < 2:1065168/151‑1 (MQ=18) agTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAGGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACTTTGACCAAGTCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTg < 2:5112358/150‑1 (MQ=17) tGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCGGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCAGGGATGCCCGGCTCGTCGGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAATTTGcc > 1:2582146/1‑151 (MQ=37) tGAAGATCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCGGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCAGGGATGCCCGGCTCGTCGGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACTTGcc < 1:1670838/151‑1 (MQ=37) tGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGcc < 1:4935402/151‑1 (MQ=25) gAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCGGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCAGGGATGCCCGGCTCGTCGGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACTTGCCg > 2:1430167/1‑151 (MQ=37) aaGGTTGGCTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGCGCCTTGTCCAGCGTCACCTGTTCGAACTTGccaa > 2:2314062/1‑149 (MQ=17) aGGTTGGCTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAAc > 2:3989022/1‑151 (MQ=21) ggTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGGAGTCTGGTCGGCGGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCAGGGATGCCCGGCTCGTCGGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACa < 2:4913916/151‑1 (MQ=37) cgTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAAcg > 1:3185724/2‑150 (MQ=25) gTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAAcgt > 2:2046418/1‑149 (MQ=25) gTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGATCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACCGACGTGCTGACCGGCGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCGACAt < 1:1818600/151‑1 (MQ=14) tCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAGGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACTTTGACCAAGTCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGccaacgtc < 2:898126/151‑7 (MQ=17) tCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGATCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACCGACGTGCTGACCGGCGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCGACATc < 1:4434568/151‑1 (MQ=14) tggcttGACGTGCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTGCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTcc < 2:5212156/147‑1 (MQ=18) ggTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGATCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACCGACGTGCTGACCGGCGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCGACATCCg > 2:1358233/1‑151 (MQ=17) tttGACGTTCTCGGCCACCGAGGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACTTTGACCAAGTCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGcc > 2:3730166/1‑150 (MQ=17) tttGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCa < 2:2246460/151‑1 (MQ=21) cttGGCGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCa < 2:1274861/150‑1 (MQ=21) ttGACGTTCTCGGCCACCGAGGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACTTTGACCAAGTCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCAc > 2:1770588/1‑151 (MQ=17) gACGTTCTCGGCCACCGAGGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACTTTGACCAAGTCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCt > 1:2454175/1‑151 (MQ=17) gACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCt < 2:38825/151‑1 (MQ=25) aCGTTCTCGGCCACCGAGGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACTTTGACCAAGTCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCtt > 2:3251113/1‑151 (MQ=12) gTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCGGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCAGGGATGCCCGGCTCGTCGGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCACCTTCa > 1:1436990/1‑151 (MQ=37) gTTCTCGGCCACCGAGGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACTTTGACCAAGTCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTcc > 2:730639/1‑150 (MQ=17) gTTCGCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCGGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCAGGGATGCCCGGCTCGTCGGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCACCTTCa < 1:2667315/151‑1 (MQ=37) 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gAAGTCTGGTCGGCGGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCAGGGATGCCCGGCTCGTCGGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTAGcgatcg < 2:366613/151‑1 (MQ=25) gAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGATCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACCGACGTGCTGACCGGCGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGcgatcg < 1:4824088/151‑1 (MQ=17) gAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGATCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACCGACGTGCTGACCGGCGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGcgatcg > 1:676741/1‑151 (MQ=17) gAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGATCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACCGACGTGCTGACCGGCGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGcgatcg > 1:4505157/1‑151 (MQ=17) aggTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACTTTGACCAAGTCGCCTTCGTTGCCCGGCGTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGcgatcga > 1:1695248/3‑151 (MQ=14) 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ggCTCGTCGGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGGGTCGTTGGTGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTCACAGTGGCAg > 1:2799744/1‑151 (MQ=18) cgtcgGTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGGGTCGTTGGTGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTCACAGTGGCAGTGcc < 1:1891832/151‑1 (MQ=18) ggTAACCGACGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGGGTCGTTGGTGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTCACAGTGGCAGTGccggtt < 1:3719686/151‑5 (MQ=18) acggcggTGCTTACCGGGGTCTTGTCCAGTGTCAGCTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGAGTCGTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGc > 1:1000294/7‑151 (MQ=14) acggcggTGCTTACCGGGGTCTTGTCCAGTGTCAGCTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGAGTCGTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGc > 1:3106754/7‑151 (MQ=17) cggcggTGCTTACCGGGGTCTTGTCCAGTGTCAGCTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGAGTCGTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGcc > 1:886668/6‑151 (MQ=17) ggcggTGCTTACCGGGGTCTTGTCCAGTGTCAGCTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGAGTCGTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCa < 2:606797/147‑1 (MQ=14) ggcggTGCTTACCGGGGTCTTGTCCAGTGTCAGCTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGAGTCGTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCa < 1:1276056/147‑1 (MQ=17) gTGCTTACCGGGGTCTTGTCCAGTGTCAGCTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGAGTCGTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTgg < 1:1523249/151‑1 (MQ=17) tGCTTACCGGGGTCTTGTCCAGTGTAAGCTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGAGTCGTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGc > 2:2808422/1‑151 (MQ=17) 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cTCGAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGAGTCGTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGcc > 2:4195931/1‑144 (MQ=255) cTCGAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCCATCGATTTGATCACAGAGTCGTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGGCGGCACGGTGATGACGGTTTTACCGTCGCTc > 2:4100102/1‑151 (MQ=17) | GTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCCGTGATGGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCCTGGGGTACCCGGCTCGTCGGTGACCGACGTGCTGACCGGGGTCTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCACCTTCAACGGTTGCGATCGATTTGATCACAGGGTCGTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTC > CP009974/1896283‑1896580 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |