Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 3,105,419 | 0 | G | A | 73.3% | 618.4 / 215.3 | 313 | intergenic (+140/+135) | RPPX_13820/mscL | ferredoxin‑NADP reductase/large‑conductance mechanosensitive channel |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/50); new base A (111/117); total (146/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.68e-02 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAAGCGA > CP009974/3105271‑3105566 | tactGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATtggtgatg < 1:1841986/151‑1 (MQ=255) tGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGac < 1:2049486/151‑1 (MQ=255) tAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGacaca > 1:2936801/1‑151 (MQ=255) tAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGacaca > 2:2118629/1‑151 (MQ=255) aaGACAATTTGAGCCGTTGTCCACCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGACCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGacacac < 1:2232175/151‑1 (MQ=14) aaGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGacacac < 1:2426500/151‑1 (MQ=255) gACGATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACAt < 2:1552799/151‑1 (MQ=255) aTTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGCTGGACAGACATCggt > 1:3295249/1‑151 (MQ=255) aTTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCggt < 1:228055/151‑1 (MQ=255) gggCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGtt < 2:2047804/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTgg < 1:2667160/151‑1 (MQ=255) cGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGac > 2:3973247/1‑151 (MQ=255) ttGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGacac < 1:1704206/151‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |