Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009974 | 25,728 | G→A | intergenic (+153/‑418) | RPPX_00140 → / → RPPX_00145 | MarR family transcriptional regulator/(2Fe‑2S)‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 25,728 | 0 | G | A | 98.2% | 723.5 / ‑3.7 | 221 | intergenic (+153/‑418) | RPPX_00140/RPPX_00145 | MarR family transcriptional regulator/(2Fe‑2S)‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base A (101/111); total (106/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TGTTGTGACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACC > CP009974/25580‑25875 | tgttgtGACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGc > 2:1042334/1‑151 (MQ=255) ttgtGACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCa < 2:2923519/151‑1 (MQ=255) tgACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAAtc < 1:3828548/151‑1 (MQ=255) tgACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAAtc < 2:233967/151‑1 (MQ=255) tgACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAAtc > 1:2619931/1‑151 (MQ=255) gACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAAtct > 2:2566818/1‑151 (MQ=255) aCTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAAtctc < 1:2285086/151‑1 (MQ=255) gCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTcctc > 2:2664489/1‑149 (MQ=255) cgcgGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTccc < 2:246219/151‑1 (MQ=255) cgGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCccgc > 2:2702177/1‑151 (MQ=255) ggTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCccgcc > 2:1926741/1‑151 (MQ=255) tGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGt < 2:2301985/151‑1 (MQ=255) ggCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGACCTGCTAGCCACGCCCCGCCCGCCGtg > 2:2839925/1‑150 (MQ=37) ggCCGTCACAGAGACGCGGCGAGAGAGAACAAACACATCGCGGGCAAGATCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGtt < 2:413230/151‑1 (MQ=25) cGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCAc < 1:2898583/151‑1 (MQ=255) cGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGCTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCCAGCCAATCTCCTCCCCCCGCTCAc > 2:1682173/1‑151 (MQ=37) gTCACGGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCAcc < 1:1973030/151‑1 (MQ=255) tCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCg < 1:4012699/151‑1 (MQ=255) 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cgGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTcct < 2:4038085/126‑2 (MQ=255) ggCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGCTCACCGTTgccgccgccc > 2:446087/1‑150 (MQ=255) ggCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCa > 1:5103832/1‑151 (MQ=255) ccTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCAcc < 1:4809168/151‑1 (MQ=255) cTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCg > 1:1689599/1‑151 (MQ=255) aTCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCCTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTccc > 2:2224342/1‑149 (MQ=255) aaGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCggg > 1:2792491/1‑151 (MQ=255) aGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGt < 1:3365612/151‑1 (MQ=255) gCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTa < 1:4786026/151‑1 (MQ=255) acaTCGCGGGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTaaa < 1:4232169/151‑1 (MQ=255) 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aGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTaca < 2:1747224/151‑1 (MQ=255) gctcgctcACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacac < 1:2146938/151‑1 (MQ=255) gaatcACGTTGGACACGCATCGGTGGTTGGAAAGAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAGTGGGCTGGTCCTGCTAGCCAATGTCCTCACGCCGTTCCCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACTCACg < 2:515756/148‑1 (MQ=17) ctcACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCa < 1:3712426/151‑1 (MQ=255) cacaTTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATc < 1:3465184/151‑1 (MQ=255) 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ctgctaGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCCCACGCCGTCGTACGAGCGGGCTCACCCGCGAAAGCGCCGGCCCGGCTGGCCAtcctccc > 2:1251942/1‑150 (MQ=14) gctaGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTACCGCCGCCACCGTATACACGGGAAAACCCGCTCCTACACACGCATCGTAGATCCCGCACAGCCCCGCATAAGAAAGAAAACACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCAcc > 2:4720639/1‑151 (MQ=9) | TGTTGTGACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACC > CP009974/25580‑25875 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |