Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 382,193 | T→C | intergenic (+329/+200) | RPPX_01535 → / ← RPPX_01540 | guanine permease/5‑hydroxyisourate hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 382,193 | 0 | T | C | 98.0% | 544.6 / ‑0.8 | 205 | intergenic (+329/+200) | RPPX_01535/RPPX_01540 | guanine permease/5‑hydroxyisourate hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base C (100/98); total (102/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
TGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCGGTGGTGGACACACATGTCGGGGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATGCAAAAAACAGCAGACGAAAAAAAGCC > CP009974/382045‑382340 | tGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCAc > 1:5238264/1‑151 (MQ=255) tGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCAc > 1:9824/1‑151 (MQ=255) tGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCAc > 2:3947670/1‑151 (MQ=255) 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cgcCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCGGTGGTGGACACACATGTCGGGGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATGCAAAAAACAGCAGACGAAAAAAAGcc > 1:4757291/1‑151 (MQ=255) | TGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCGGTGGTGGACACACATGTCGGGGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATGCAAAAAACAGCAGACGAAAAAAAGCC > CP009974/382045‑382340 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |