| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009974 | 2,672,064 | C→T | G249E (GGG→GAG) | RPPX_11870 ← | FAD‑dependent oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 2,672,064 | 0 | C | T | 98.1% | 938.0 / NA | 271 | G249E (GGG→GAG) | RPPX_11870 | FAD‑dependent oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); major base T (120/143); minor base G (1/4); total (123/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
AGCAGGTTGGCGATTTCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCCCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTACAAAGGTTTCAGGTTCGGGCCCTTGGCCATGACCATGTGCAGCGGGCGGGTTTGCATGGCCGGCTGATCCAGGCCCAGCGCCTGCAGCAAGCCTTCGGTGCCGGCTCCGGCGCTCAACACGATGC > CP009974/2671914‑2672211 | cAGGTTGGCGATTTCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCtcg < 2:3244486/151‑1 (MQ=255) ggTTGGCGATTTCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCtcgcc > 2:334056/1‑151 (MQ=255) gTTGGCGATTTCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCtcgccg > 2:701913/1‑151 (MQ=255) ttGGCGATTTCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCtcgccgc > 1:512080/1‑151 (MQ=255) tGGCGATTTCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGCTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCtcgccgcc > 2:2837641/1‑151 (MQ=255) ggCGATTTCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCtcgccgccg < 2:1075931/151‑1 (MQ=255) ggCGATTTCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCtcgccgccg < 2:2919833/151‑1 (MQ=255) gCGATTTCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGa < 2:3598513/151‑1 (MQ=255) tttCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCa > 2:1370992/1‑151 (MQ=255) tttCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGCCa > 2:1589296/1‑151 (MQ=255) ttCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAg > 1:1158079/1‑151 (MQ=255) ttCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAg < 1:2773778/151‑1 (MQ=255) ttCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAg > 2:630506/1‑151 (MQ=255) ccTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTg < 1:312554/151‑1 (MQ=255) ccTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTg < 1:1806767/151‑1 (MQ=255) cTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCg > 1:2875123/1‑151 (MQ=255) tGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGt > 2:4042420/1‑151 (MQ=255) gcgcTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTa < 1:4490238/151‑1 (MQ=255) gcgcTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCGCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTa < 1:3977358/151‑1 (MQ=255) cgcTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTAc < 1:1560634/151‑1 (MQ=255) cTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTACaa > 1:810911/1‑151 (MQ=255) tGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTACcaa > 2:3961571/1‑151 (MQ=255) agcaATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGCGCCAGTGGGCGTACACAGGt > 2:4331706/1‑151 (MQ=255) agcaATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTACAAAGGt > 2:3035594/1‑151 (MQ=255) gcaATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTACAAAGGtt > 1:1406521/1‑151 (MQ=255) caATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTACAAAGGttt < 1:3497902/151‑1 (MQ=255) caATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTACAAAGGttt > 2:3193888/1‑151 (MQ=255) aaTCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTACAAAGGTTTc > 2:788925/1‑151 (MQ=255) 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gggCTCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTACAAAGGTTTCAGGTTCGGGCCCTTGGCCATGACCATGTGCAGCGGGCGGGTTTGCATGGCCGGCTGATCCAGGCCCAGCGCCTGCAGCAAGCCTTCGGTGCCGGCTCCGGCGCTCAACACGATg < 2:3520676/151‑1 (MQ=255) | AGCAGGTTGGCGATTTCCTTCTGCGCTGCAGCAATCTGCGCTGCAGGCTCGCGCGCCACGCCATCGGCTTCGGCCAGGTCCCCACCGAGGTACCAGACCCACTGGCCATCGGCTGCCGGATGGGTGGTCACCGTTACCCGCGGCTTGGGCCCGCCGCCGAGGCAGTGGGCGTACAAAGGTTTCAGGTTCGGGCCCTTGGCCATGACCATGTGCAGCGGGCGGGTTTGCATGGCCGGCTGATCCAGGCCCAGCGCCTGCAGCAAGCCTTCGGTGCCGGCTCCGGCGCTCAACACGATGC > CP009974/2671914‑2672211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |