Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009974 | 2,867,069 | G→A | intergenic (‑156/+60) | RPPX_12750 ← / ← RPPX_12755 | lipoyl synthase/DNA polymerase III subunit delta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 2,867,069 | 0 | G | A | 95.3% | 781.5 / 14.3 | 237 | intergenic (‑156/+60) | RPPX_12750/RPPX_12755 | lipoyl synthase/DNA polymerase III subunit delta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/5); new base A (112/113); total (118/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.88e-02 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TTCCCGGGTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCACGGCGAACCTTCAGCCTGCCCT > CP009974/2866921‑2867216 | ttCCCGGGTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAga < 2:4930892/151‑1 (MQ=255) tCCCGGGTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTagag < 1:1380022/151‑1 (MQ=255) ggggTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCGGTGTAGGGCCCCCGGGGGGGGGGTGCTGATTGATTGTGTGTATGGCGGCGGCGCTGGTGCCGATGGAGTGGCGGGTTTACCCGCGTATACGGTGGCGGCGGCAAGGGTGACCGGCGGGTCGAGAtt < 2:2254147/150‑1 (MQ=255) 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aGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCCGTTACTCGGGAGGCAGGGCCa > 2:1389756/1‑151 (MQ=255) aGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCa > 2:5096262/1‑151 (MQ=255) ggCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAg > 1:1892447/1‑151 (MQ=255) ggCGATGGTGGCGATGGAGGGGCGGGGTTGGCCGAGAATGCGGTGGCGGCGGCAAGGGTGAACGGCGGGTAGAGGTTAGCCAGGAGGGCCGGCCTCATCGCTGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTAGTCGGGAGGCAGGGCCAg < 2:1553979/151‑1 (MQ=255) cgcTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGc < 1:2780180/151‑1 (MQ=255) 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ggcAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCACGGCg > 2:397779/1‑151 (MQ=255) cAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCACGGCGaa < 1:1706637/151‑1 (MQ=255) aaCGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCACGGCGAAc > 2:499744/1‑151 (MQ=255) aCGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCACGGCGAAcc < 1:355789/151‑1 (MQ=255) gggTGAACGGCGGGTAGAGGTTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCACGGCGAACCt < 2:4427451/150‑1 (MQ=255) 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TTCCCGGGTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCACGGCGAACCTTCAGCCTGCCCT > CP009974/2866921‑2867216 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |