Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 3,161,709 | T→C | intergenic (+115/+136) | RPPX_14090 → / ← RPPX_14095 | RND transporter/short‑chain dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 3,161,709 | 0 | T | C | 97.1% | 739.3 / 7.1 | 246 | intergenic (+115/+136) | RPPX_14090/RPPX_14095 | RND transporter/short‑chain dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/3); new base C (115/123); total (119/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GTTTGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAATCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCG > CP009974/3161561‑3161856 | gTTTGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCa < 1:1435390/151‑1 (MQ=255) gTTTGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCa > 1:3735773/1‑151 (MQ=255) ttGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAaccacc > 1:2352152/1‑151 (MQ=255) tgatgaGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTACACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCCCCg > 2:4601231/1‑151 (MQ=255) gatgaGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGa < 2:158422/151‑1 (MQ=255) atgaGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCCGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCACCCACCGAt > 2:1056206/1‑151 (MQ=255) gcCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTc < 1:254825/151‑1 (MQ=255) ccGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCCGCCCCCAACCACCGAtgtgtcgcc > 1:3014401/1‑147 (MQ=255) cAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTccacc < 2:4651170/151‑1 (MQ=255) aGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTccacca > 2:2314216/1‑151 (MQ=255) aaTGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCCGCGCCCAACCACCGATGTGTGTccaccacc > 2:2086135/1‑151 (MQ=255) tGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCAc > 2:2067802/1‑131 (MQ=255) gTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTACACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAAt > 2:2666955/1‑151 (MQ=255) ttCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCaagc > 2:4582807/1‑149 (MQ=255) tCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCt < 2:4514616/151‑1 (MQ=255) tCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACACGACGGCCTGCGCCTAACCCCCGATGTGTGTCCACCACCAATCt > 1:3095860/1‑151 (MQ=255) cacaGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTg > 1:64062/1‑151 (MQ=255) acaGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTgg < 1:1979612/151‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |