Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 3,230,201 | C→T | A23V (GCC→GTC) | RPPX_14410 → | cell division protein FtsQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 3,230,201 | 0 | C | T | 97.9% | 844.8 / ‑5.5 | 236 | A23V (GCC→GTC) | RPPX_14410 | cell division protein FtsQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (140/89); minor base G (2/3); total (142/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
GGCCCGCGCGGCTGGCCTGGACTTCCAGCAACTGGTGCTGGCAATCCTGGCCGAAAGCGTGGCGACGCGAGGTTAATAACCATGCAAGGCGCGATGATACGTCAGCAGCAACCCGTTACCGGCCGTAGCAAGCCGGTGCCGCGTGGTGCCAGCCGGCTGGTGGCCGACGAGCCCGTATCGGCGCGCCTGCCCCGGCCAAGCCTGGGCGGCCTCAAGCGCTTGCTGTGGCCGGTGTTGCTGGTGGCGGCCGGCTTTGGTGCCTACGAGGGCGCCATTCGCCTGATGCCGTACGCCGA > CP009974/3230053‑3230348 | ggcCCGCGCGGCTGGCCTGGACTTCCAGCAACTGGTGCTGGCAATCCTGGCCGAAAGCGTGGCGACGCGAGGTTAATAACCATGCAAGGCGCGATGATACGTCAGCAGCAACCCGTTACCGGCCGTAGCAAGCCGGTGCCGCGTGGTGTCa < 1:4008032/151‑1 (MQ=255) ggcCCGCGCGGCTGGCCTGGACTTCCAGCAACTGGTGCTGGCAATCCTGGCCGAAAGCGTGGCGACGCGAGGTTAATAACCATGCAAGGCGCGATGATACGTCAGCAGCAACCCGTTACCGGCCGTAGCAAGCCGGTGCCGCGTGGTGTCa > 2:3081371/1‑151 (MQ=255) ggcCCGCGCGGCTGGCCTGGACTTCCAGCAAATGGTGCTGGCAATCCTGGCCGAAAGGGTGGCGACGCGAGGTTAATAACCATGCAAGGCGCGATGATACGTCAGCAGCAACCCGTTACCGGCCGTAGAAAGCCGGTGCCGCGTGGTGTCa < 1:2052802/151‑1 (MQ=255) 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cGTTACCGGCCGTAGCAAGCCGGTGCCGCGTGGTGTCAGCCGGCTGGTGGCCGACGAGCCCGTATCGGCGCGCCTGCCCCGGCCAAGCCTGGGCGGCCTCAAGCGCTTGCTGTGGCCGGTGTTGCTGGTGGCGGCCGGCTTTGGTGCCTAc < 1:5123344/151‑1 (MQ=255) cGTTACCGGCCGTAGCAAGCCGGTGCCGCGTGGTGTCAGCCGGCTGGTGGCCGACGAGCCCGTATCGGCGCGCCTGCCCCGGCCAAGCCTGGGCGGCCTCAAGCGCTTGCTGTGGCCGGTGTTGCTGGTGGCGGCCGGCTTTGGTGCCTAc > 2:4872176/1‑151 (MQ=255) gTTACCGGCCGTAGCAAGCCGGTGCCGCGTGGTGTCAGCCGGCTGGTGGCCGACGAGCCCGTATCGGCGCGCCTGCCCCGGCCAAGCCTGGGCGGCCTCAAGCGCTTGCTGTGGCCGGTGTTGCTGGTGGCGGCCGGCTTTGGTGCCTACg > 1:4545514/1‑151 (MQ=255) gTTACCGGCCGTAGCAAGCCGGTGCCGCGTGGTGTCAGCCGGCTGGTGGCCGACGAGCCCGTATCGGCGCGCCTGCCCCGGCCAAGCCTGGGCGGCCTCAAGCGCTTGCTGTGGCCGGTGTTGCTGGTGGCGGCCGGCTTTGGTGCCTACg > 1:4651670/1‑151 (MQ=255) tACCGGCCGTAGCAAGCCGGTGCCGCGTGGTGTCAGCCGGCTGGTGGCCGACGAGCCCGTATCGGCGCGCCTGCCCCGGCCAAGCCTGGGCGGCCTCAAGCGCTTGCTGTGGCCGGTGTTGCTGGTGGCGGCCGGCTTTGGTGCCTACGAg > 1:350107/1‑151 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |