| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 3,278,038 | C→T | T278I (ACC→ATC) | RPPX_14610 → | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 3,278,038 | 0 | C | T | 89.5% | 766.3 / 57.6 | 260 | T278I (ACC→ATC) | RPPX_14610 | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/11); new base T (134/97); total (151/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
CCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTACTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGTAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCTTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCTTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTG > CP009974/3277889‑3278186 | aGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTACTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGTAAGGGTGGTTCTTCGATCAt < 1:3679360/151‑1 (MQ=255) gcgcGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTACTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGGTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGTAAGGGTGGTTCTTCGATCATg < 1:4404142/151‑1 (MQ=255) gcgACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTACTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCACACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGTGCGGGTGGTTCTTCGAGCATGcc > 2:4911564/1‑151 (MQ=255) 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cGATCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCTTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCTTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCt < 2:3060568/151‑1 (MQ=255) gACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCTTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCTTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTg < 1:3814784/151‑1 (MQ=255) | CCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTACTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGTAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCTTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCTTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTG > CP009974/3277889‑3278186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |