| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 3,566,031 | C→G | intergenic (‑160/+154) | RPPX_15935 ← / ← RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 3,566,031 | 0 | C | G | 94.2% | 830.3 / 31.1 | 261 | intergenic (‑160/+154) | RPPX_15935/RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/9); new base G (116/128); total (124/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCGCATCTCA > CP009974/3565882‑3566178 | ccATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTTCCGTTCACCGGTgccgcc > 2:1048029/1‑151 (MQ=255) tttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCAcc < 1:1063642/151‑1 (MQ=255) tttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCAcc < 2:2488623/151‑1 (MQ=255) 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ccggcgccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCGCATCTCa > 1:1231224/1‑151 (MQ=255) ccgacgccACCGAATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCGCATCTCa < 1:4281765/151‑1 (MQ=255) | CCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCGCATCTCA > CP009974/3565882‑3566178 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |