| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 3,566,083 | C→T | intergenic (‑212/+102) | RPPX_15935 ← / ← RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 3,566,083 | 0 | C | T | 93.9% | 801.3 / 24.3 | 247 | intergenic (‑212/+102) | RPPX_15935/RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/9); new base T (102/128); total (108/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCGCATCTCATACCCGTCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCCCCACCCAGCGCCTCGAACAGC > CP009974/3565935‑3566230 | gtcgtcCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACACAGATGTGTGGTGGAcataca > 1:2517364/1‑151 (MQ=21) cgtcCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATc < 2:1451458/151‑1 (MQ=255) cTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATAGGAg < 2:4298279/151‑1 (MQ=255) tCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATGGGTGGTGGTCATACATCGGAgg > 1:3899482/1‑151 (MQ=255) aGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTggg < 2:803706/151‑1 (MQ=255) gTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGa < 1:3455484/151‑1 (MQ=255) taggCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGac < 1:101454/149‑1 (MQ=255) cgccAGGGTGCCGGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTGCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAg < 2:3793315/149‑1 (MQ=18) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |