Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009974 | 3,585,070 | C→G | intergenic (+210/+13) | RPPX_16020 → / ← RPPX_16025 | hypothetical protein/diguanylate phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 3,585,070 | 0 | C | G | 97.1% | 645.3 / 8.3 | 208 | intergenic (+210/+13) | RPPX_16020/RPPX_16025 | hypothetical protein/diguanylate phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/4); new base G (149/52); total (152/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.44e-01 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
CTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCAT > CP009974/3584920‑3585216 | gctgGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggccgggcc < 1:3509951/151‑1 (MQ=255) ctgGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCct < 1:2880821/151‑1 (MQ=255) cAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGGCCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGCTGACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGCTgg > 2:1602933/1‑151 (MQ=17) 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tCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCAccc > 1:4552186/1‑151 (MQ=255) cGGTCACCGTTGTGGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGGGGGCACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACccg < 1:4353290/151‑1 (MQ=17) cGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACccg > 1:295967/1‑151 (MQ=255) ggTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTTTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTATGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTTTTGCTGGCCATTTtccaccttc > 1:327300/1‑148 (MQ=18) ccGTTGTCTGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAGCTCGCTCCTACGCGTGATCGCGGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTc < 2:2877043/151‑1 (MQ=14) 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cTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGCGTAAACCCGCTCCTACg > 2:3598157/1‑151 (MQ=255) gATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCCCGGGTAAACCCGCTCCTACGcc > 2:1251150/1‑151 (MQ=255) tCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTg > 2:2051115/1‑151 (MQ=255) gAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAt > 2:3460982/1‑151 (MQ=255) aaGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAtt > 2:3117623/1‑151 (MQ=255) 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gccgggcCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCa > 1:1732733/1‑151 (MQ=255) | CTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCAT > CP009974/3584920‑3585216 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |