Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 3,673,509 | C→T | intergenic (+108/‑429) | RPPX_16400 → / → RPPX_16405 | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase/beta‑ketoacyl synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 3,673,509 | 0 | C | T | 83.4% | 857.3 / 129.2 | 384 | intergenic (+108/‑429) | RPPX_16400/RPPX_16405 | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase/beta‑ketoacyl synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/33); new base T (150/166); total (181/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 418 total aligned reads displayed.
CCAGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCGTTCACCGTCGCCGCCG > CP009974/3673362‑3673658 | aTCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTAtt > 2:2902501/1‑151 (MQ=255) ctgctgCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTcg < 1:1211465/151‑1 (MQ=255) tgctgcGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTcgc < 2:2608801/151‑1 (MQ=255) ctgcGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCgg < 2:3064405/151‑1 (MQ=255) ctgcGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGCGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGCCGGGACCGAGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTCCCCCGTTGCCGGCGCTACCGCATTcgcgc > 2:3390041/1‑150 (MQ=255) tgcGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCggg > 1:1782378/1‑151 (MQ=255) gcGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCCCGGGt > 2:1884037/1‑151 (MQ=255) cGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTa > 2:1321378/1‑151 (MQ=255) gTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTaa > 2:4315051/1‑151 (MQ=255) tGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAcc > 2:4061679/1‑151 (MQ=255) gATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACACCCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAccc < 1:2830371/151‑1 (MQ=255) aTTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCg > 1:3971638/1‑151 (MQ=255) gTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGa < 1:3103385/151‑1 (MQ=255) gTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGAGGGTAAACCCGCTCCTCCACAGa > 2:5148856/1‑151 (MQ=255) tttATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGAt > 2:1071909/1‑151 (MQ=255) ttATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCCAGAtt > 2:4631003/1‑151 (MQ=255) ttATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGAtt > 2:1638438/1‑151 (MQ=255) tATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATtg < 2:1508094/151‑1 (MQ=255) aTTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATtgg < 1:2472768/151‑1 (MQ=255) gAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATtggtgg < 1:2305308/151‑1 (MQ=255) caacaaCCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGa > 1:1166154/1‑151 (MQ=255) aacaacCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGac > 2:2942645/1‑151 (MQ=255) gTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCggg > 1:2556420/1‑151 (MQ=255) 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ttCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACA‑GCCCAC‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCAtt < 1:4596886/151‑1 (MQ=11) tCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGAGTAAACCCGCTCCTGCGCAGATGGGTTGTGGACACACACCGGAGGTTGGACGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGt > 1:2672879/1‑151 (MQ=2) tCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGt < 1:3448992/151‑1 (MQ=11) ccACCGGCGCCGCCGCCACCGTATGCGCGGGAAATCCCGGGCCTACACAGATTGGTGACGGACACACATCGGTGGTTGGACACA‑GCCCAC‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTc < 2:3467377/150‑1 (MQ=2) cccGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCGTTc < 1:4045572/150‑1 (MQ=255) 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ggcgctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCGTTCACCGTcgcc < 1:4313022/149‑1 (MQ=255) ccgccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGTTCACCGTtgccg > 1:151413/1‑151 (MQ=11) | CCAGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCGTTCACCGTCGCCGCCG > CP009974/3673362‑3673658 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |