Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 3,721,374 | A→G | intergenic (+316/+51) | RPPX_16570 → / ← RPPX_16575 | glutathione S‑transferase/glutaredoxin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 3,721,374 | 0 | A | G | 90.8% | 311.3 / 18.3 | 119 | intergenic (+316/+51) | RPPX_16570/RPPX_16575 | glutathione S‑transferase/glutaredoxin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/4); new base G (67/41); total (74/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TTAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCAGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAGGCATGGC > CP009974/3721228‑3721521 | ttAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGc < 1:1948530/151‑1 (MQ=18) ttAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGc > 2:1747119/1‑151 (MQ=18) ttAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGc < 1:1948511/151‑1 (MQ=18) tAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTCCCACCCACCGCGGTGcc > 2:1109731/1‑151 (MQ=12) ggCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGc > 1:860130/1‑151 (MQ=17) cTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTc > 1:960831/1‑151 (MQ=17) gCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTcgcg > 1:3801715/1‑151 (MQ=14) ttGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCggg > 1:95672/1‑151 (MQ=14) 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ccAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCa > 2:4465850/1‑151 (MQ=255) ccAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCa < 1:3984373/151‑1 (MQ=255) ccAACCACCGCAGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATcc < 2:4202046/121‑1 (MQ=255) ccAACCACCGCAGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATcc > 1:4202046/1‑121 (MQ=255) cAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAg > 1:4318446/1‑151 (MQ=255) cAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAg > 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TTAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCAGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAGGCATGGC > CP009974/3721228‑3721521 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |