| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 3,837,781 | C→T | intergenic (+332/‑219) | RPPX_17095 → / → RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 3,837,781 | 0 | C | T | 95.7% | 350.0 / ‑2.8 | 115 | intergenic (+332/‑219) | RPPX_17095/RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/2); new base T (63/47); total (66/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCACCATTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAAGGCCGGTACAGGCGAAAATCGGCCCCCTGCTTTT > CP009974/3837634‑3837928 | ggccTGCTGGCCATTTTTCACCGGCCGTGCACCGTTGCTGCCGCTACCGTAGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC‑TG‑ATC‑TGGACTGCGCGGTCCTCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTTCAcc < 2:3480885/151‑1 (MQ=2) gccTGCTGGCCAATTTTCACCAGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC‑TG‑ATC‑TGGACTGCGCGGTCCTCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTTCAcca > 1:4726002/1‑150 (MQ=2) gccTGCTGGCCAATTTTCACCAGCCGCTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC‑TG‑ATC‑TGGACTGCGCGGTCCTCTGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTTCAccc > 2:1762978/1‑151 (MQ=9) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |