| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 3,837,790 | T→C | intergenic (+341/‑210) | RPPX_17095 → / → RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 3,837,790 | 0 | T | C | 97.5% | 356.4 / ‑4.4 | 120 | intergenic (+341/‑210) | RPPX_17095/RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (67/48); total (68/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
AATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCACCATTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAAGGCCGGTACAGGCGAAAATCGGCCCCCTGCTTTTCCCCCGGAT > CP009974/3837646‑3837937 | aaTTTTCACCAGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC‑TGC‑TC‑TGGACTGCGCGGTCCTCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGCCGGCCAATCTTCACCAGCCGCTCAccg > 2:2348121/1‑150 (MQ=2) cTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTCTTCCCGGGTAAACCCGCTCCAGCACACGCATCggtggt > 1:1326978/1‑151 (MQ=11) cacacGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGtggttgg > 1:5047004/1‑151 (MQ=9) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |