| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009974 | 3,961,904 | C→T | T416T (ACC→ACT) | RPPX_17635 → | damage‑inducible protein CinA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 3,961,904 | 0 | C | T | 99.6% | 977.5 / NA | 265 | T416T (ACC→ACT) | RPPX_17635 | damage‑inducible protein CinA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (113/151); total (113/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
CCCGGTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGC > CP009974/3961757‑3962050 | cccGGTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACttct < 2:4184965/151‑1 (MQ=255) cGGTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACttctct > 1:2306924/1‑151 (MQ=255) gTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTgg < 2:3559145/151‑1 (MQ=255) gTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTgg < 1:766797/151‑1 (MQ=255) aaTCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATc < 1:247634/151‑1 (MQ=255) aTCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCa < 1:4427702/151‑1 (MQ=255) cGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCAcg > 1:3030158/1‑150 (MQ=255) cGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACt < 1:2750015/151‑1 (MQ=255) 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tGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGAc < 1:269612/151‑1 (MQ=255) ggggCAGCCTGGGCCCCGGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACg < 2:4682074/151‑1 (MQ=255) gCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGCCGGgc > 2:2864367/1‑151 (MQ=255) gCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGgc > 1:874600/1‑151 (MQ=255) cAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTGCACTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGgcg > 2:3022474/1‑151 (MQ=255) 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tatCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGaacaac < 2:3139721/151‑1 (MQ=255) tCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGaacaacaa < 1:2794671/151‑1 (MQ=255) cGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGaaaaacaac > 2:2112182/1‑151 (MQ=255) ttCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTaa > 1:5109088/1‑151 (MQ=255) tCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAAc > 1:3405695/1‑151 (MQ=255) 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cccTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTccc < 2:2607292/150‑1 (MQ=255) aCCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTccc < 2:3858683/151‑1 (MQ=255) ccgtCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCg < 1:3954792/148‑1 (MQ=255) ccTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCg < 2:2275602/151‑1 (MQ=255) ttCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGAt < 2:477455/151‑1 (MQ=255) 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tCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGc > 1:4294881/1‑151 (MQ=255) tCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGc < 2:2497116/151‑1 (MQ=255) | CCCGGTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGC > CP009974/3961757‑3962050 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |