| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 25,739 | A→T | intergenic (+164/‑407) | RPPX_00140 → / → RPPX_00145 | MarR family transcriptional regulator/(2Fe‑2S)‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 25,739 | 0 | A | T | 96.2% | 670.7 / 3.1 | 222 | intergenic (+164/‑407) | RPPX_00140/RPPX_00145 | MarR family transcriptional regulator/(2Fe‑2S)‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/5); new base T (94/111); total (101/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGATCACCGTTGCCGCC > CP009974/25592‑25895 | cgcgGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTccc < 2:246219/151‑1 (MQ=255) ggTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGTCGTCGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGAATGGGCCGGTCATGCTAGCCAATCTCGTCccgcc > 1:779432/1‑151 (MQ=255) ggTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCccgcc > 2:1926724/1‑151 (MQ=255) 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ctcCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACAAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GCACAGGCCTTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGCCTTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTgccgcc < 2:3627841/151‑1 (MQ=2) tcctccCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTACACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTCCGTCACACGCCGTCGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAACGGGCCGGGCCTGCTCGCCGATCTCCACCCCCCGATCaac > 2:3680235/1‑149 (MQ=14) | CGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGATCACCGTTGCCGCC > CP009974/25592‑25895 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |