| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 4,132,231 | A→C | intergenic (+147/+82) | RPPX_18375 → / ← RPPX_18380 | membrane protein/phosphonoacetaldehyde hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 4,132,231 | 0 | A | C | 77.2% | 486.8 / 111.7 | 232 | intergenic (+147/+82) | RPPX_18375/RPPX_18380 | membrane protein/phosphonoacetaldehyde hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/22); new base C (88/88); total (119/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
AATAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAG > CP009974/4132080‑4132378 | aaTAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGaca < 1:3119995/151‑1 (MQ=255) aTAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGCCGGATCGGGGG‑GGacac > 1:4257679/1‑151 (MQ=255) aTAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGacac < 2:280889/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |