| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 4,363,550 | T→C | intergenic (+206/‑109) | RPPX_19410 → / → RPPX_19415 | alkyl hydroperoxide reductase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009974 | 4,363,550 | 0 | T | C | 78.5% | 634.0 / 164.2 | 311 | intergenic (+206/‑109) | RPPX_19410/RPPX_19415 | alkyl hydroperoxide reductase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/42); new base C (129/112); total (155/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GTGAAGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACA‑GATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GG‑TTGGACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTCCCC > CP009974/4363405‑4363697 | cggtgcccaGTAGGGGCCGGTTCACCCGCGAAGCGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACA‑GATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GG‑CTGGAcaca < 2:3541922/146‑1 (MQ=17) aaGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACA‑GATCGGCGGTAGACACACATCCGC‑GG‑GTgggccac > 2:2079717/1‑146 (MQ=18) aTCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACA‑GATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGG‑TTGGACACAgg > 1:58068/1‑151 (MQ=255) aTCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGGTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGGACACCCGCTCGTACACA‑GATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGG‑TTGGACACAgg > 1:164545/1‑151 (MQ=18) ccgttgTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACA‑GATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GG‑CTGGACACAGgcc < 2:1936649/146‑1 (MQ=255) ttgTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACA‑GATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GG‑CTGGACACAGgccgcc > 1:541/3‑151 (MQ=255) gaaGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACAGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACA‑GATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GG‑CTGGACACAGGCCGCCGt < 1:402899/149‑1 (MQ=255) gTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACA‑GATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GG‑CTGGACACAGGCCGCCGt < 1:1668031/151‑1 (MQ=255) 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aTCGGA‑GG‑CTGGACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAg < 2:3237560/151‑1 (MQ=255) ggA‑GG‑CTGGACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTcc > 2:3329239/1‑151 (MQ=255) | GTGAAGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACA‑GATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GG‑TTGGACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTCCCC > CP009974/4363405‑4363697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |