| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 4,651,471 | A→G | G393G (GGT→GGC) | RPPX_20730 ← | 5,10‑methylene tetrahydromethanopterin reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 4,651,471 | 0 | A | G | 95.8% | 779.0 / 12.7 | 238 | G393G (GGT→GGC) | RPPX_20730 | 5,10‑methylene tetrahydromethanopterin reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/5); new base G (125/103); total (130/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GCAGCTGGCCGCCGCGGCCGAACAGCTTGTGGCGCAGGGGGCCCTCGGTGTAGCTCAGCGGGTAGCGGCCGCGCCGTTGCAGCTCGGGCACCAGCAGGTCGACTACATTGGCCAGGTCGTCCGGTTGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAAACCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTCGGCGGCGGTGA > CP009974/4651323‑4651619 | gccgccGCGGCCGAACAGCTTGTGGCGCAGGGGGCCCTCGGTGTAGCTCAGCGGGTAGCGGCCGCGCCGTTGCAGCTCGGGCACCAGCAGGTCGACTACATTGGCCAGGTCGTCCGGTTGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATg > 1:4015738/1‑151 (MQ=255) gcgGCCGAACAGCTTGTGGCGCAGGGGGCCCTCGGTGTAGCTCAGCGGGTAGCGGCCGCGCCGTTGCAGCTCGGGCACCAGCAGGTCGACTACATTGGCCAGGTCGTCCGGTTGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTa < 2:4605574/151‑1 (MQ=255) gcgGCCGAACAGCTTGTGGCGCAGGGGGCCCTCGGTGTAGCTCAGCGGGTAGCGGCCGCGCCGTTGCAGCTCGGGCACCAGCAGGTCGACTACATTGGCCAGGTCGTCCGGTTGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTa < 1:3085393/151‑1 (MQ=255) 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aaCAGCTTGTGGCGCAGGGGGCCCTCGGTGTAGCTCAGCGGGTAGCGGCCGCGCCGTTGCAGCTCGGGCACCAGCAGGTCGACTACATTGGCCAGGTCGTCCGGTTGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTcca > 2:4667784/1‑151 (MQ=255) aaCAGCTTGTGGCGCAGGGGGCCCTCGGTGTAGCTCAGCGGGTAGCGGCCGCGCCGTTGCAGCTCGGGCACCAGCAGGTCGACTACATTGGCCAGGTCGTCCGGTTGCACGGCGTAGGTCAGGAAGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTcca > 2:1262303/1‑151 (MQ=255) ggCGCAGGGGGCCCTCGGTGTAGCTCAGCGGGTAGCGGCCGCGCCGTTGCAGCTCGGGCACCAGCAGGTCGACTACATTGGCCAGGTCGTCCGGTTGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTc < 2:3807436/151‑1 (MQ=255) cgcAGGGGGCCCTCGGTGTAGCTCAGCGGGTAGCGGCCGCGCCGTTGCAGCTCGGGCACCAGCAGGTCGACTACATTGGCCAGGTCGTCCGGTTGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCa > 1:872550/1‑151 (MQ=255) cgcAGGGGGCCCTCGGTGTAGCTCAGCGGGTAGCGGCCGCGCCGTTGCAGCTCGGGCACCAGCAGGTCGACTACATTGGCCAGGTCGTCCGGTTGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCa < 2:1447574/151‑1 (MQ=255) 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tGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAGGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAgcggc < 1:1628709/151‑1 (MQ=255) tGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGCCCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCGTCGCGTACGGTCCAgcggc > 2:4211598/1‑151 (MQ=255) tGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAgcggc > 2:1221004/1‑151 (MQ=255) gcgcggcggAGGTGGGGTGGAAGCCGTCGGTGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAgcggcg < 2:2374645/148‑1 (MQ=255) cACGGCGGAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGGCCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTCCGGTCCAGCGGCGa > 1:1039636/1‑151 (MQ=255) aCGGCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAg < 1:5011261/151‑1 (MQ=255) cGGCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGTCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAgg > 2:798532/1‑150 (MQ=255) gCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTgg < 2:866659/151‑1 (MQ=255) gCGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTgg < 1:1518458/151‑1 (MQ=255) cGTAGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTggg < 1:516188/151‑1 (MQ=255) aGGTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTc < 1:3741917/151‑1 (MQ=255) ggTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTcg > 1:3793001/1‑151 (MQ=255) gTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTcgg < 1:5116738/151‑1 (MQ=255) gTCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTcgg < 1:5231521/151‑1 (MQ=255) tCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTcggc > 1:2052344/1‑151 (MQ=255) tCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTcggc < 1:286965/151‑1 (MQ=255) tCAGGTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTcggc < 1:286320/151‑1 (MQ=255) ggTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTcggcggc < 1:3233669/151‑1 (MQ=255) ggTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGAGACCGCCCAGGCCAGCGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTcggcggc > 2:5013823/1‑151 (MQ=255) gTTGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTcggcggcg > 1:4127095/1‑151 (MQ=255) ttGAAGCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTcggcggcgg > 2:4757256/1‑151 (MQ=255) aaaCCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTCGGCGGCGGTGa > 2:1590005/1‑151 (MQ=255) | GCAGCTGGCCGCCGCGGCCGAACAGCTTGTGGCGCAGGGGGCCCTCGGTGTAGCTCAGCGGGTAGCGGCCGCGCCGTTGCAGCTCGGGCACCAGCAGGTCGACTACATTGGCCAGGTCGTCCGGTTGCACGGCGTAGGTCAGGTTGAAACCGTCGATGCCGGTAGGGTCCAGCCAGGTTTCCAGCTGGTCGGCCACCTCGCTGGCAGCGCCGATCAGCACGGGGCCGCGACCGCCCAGGCCAACGAACTCGGCGGCTTCGCGTACGGTCCAGCGGCGAGTGGGGTCGGCGGCGGTGA > CP009974/4651323‑4651619 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |