Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 4,728,247 | G→A | G159D (GGC→GAC) | RPPX_21060 → | quinohemoprotein amine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 4,728,247 | 0 | G | A | 95.8% | 825.5 / 13.7 | 240 | G159D (GGC→GAC) | RPPX_21060 | quinohemoprotein amine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/3); new base A (114/114); total (122/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.99e-01 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GTAGCCGGTGAGGTCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGGCCTTCAGGCCAAGCCCGTACGTACCTTCCCGATGCCGCGCCAGGTGTACCTGATGCGCGCCTCCGACGATGGCAGCCTGTACGTTGCCGGGCCGGACATTTACAAGATGGACGTGAAGACCGGCAAGTACACGGTGGCCCTGCCGCT > CP009974/4728099‑4728394 | gTAGCCGGTGAGGTCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGAcc > 1:460785/1‑151 (MQ=255) aGCCGGTGAGGTCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCtt < 1:1579855/151‑1 (MQ=255) gCCGGTGAGGTCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCTTc < 1:4660137/151‑1 (MQ=255) gCCGGTGAGGTCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCTTc < 1:1846921/151‑1 (MQ=255) ccGGTGAGGTCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCTTCa < 2:2793136/151‑1 (MQ=255) ggTGAGGTCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCTTCAgg > 1:5145677/1‑151 (MQ=255) ggTGAGGTCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCTTCAgg > 2:646756/1‑151 (MQ=255) aGGTCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCTTCAGGCCaa < 2:3911171/151‑1 (MQ=255) aGGTCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCTTCAGGCCaa > 2:268270/1‑151 (MQ=255) gTCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCTTCAGGCCAAGc > 1:60882/1‑151 (MQ=255) tCGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCTTCAGGCCAAGcc < 1:3054004/151‑1 (MQ=255) gcGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCTTCAGGCCAAGcc < 2:3988171/150‑1 (MQ=255) cGGCCGGTCGATCTATTCGTTCGCCATCAGCCCTGACGGCAAAGAGGTGTACGCCACGGTCAACCCGACCCAGAGGCTGAACGACCATTACGTGGTCAAACCACCGCGGCTGGAGGTGTTCAGCACCGCTGATGACCTTCAGGCCAAGccc > 2:5198064/1‑151 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |