| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009974 | 709,290 | T→C | A293A (GCA→GCG) | RPPX_03080 ← | cell envelope biogenesis protein TolA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 709,290 | 0 | T | C | 99.6% | 827.8 / ‑4.8 | 235 | A293A (GCA→GCG) | RPPX_03080 | cell envelope biogenesis protein TolA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (130/103); total (131/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GACCAATGTTCTTCACCGCAGCCACCGCCGAACTGTCATACGGGCCGTCACCACTGGACCGGGCCACGCTGACACTGGTGATGGTACCGTCCGGCAACATGTTGATCTGCAGGACCACCGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGTGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCTTTCTTGTCTTCTGCCGC > CP009974/709142‑709436 | aaTGTTCTTCACCGCAGCCACCGCCGAACTGTCATACGGGCCGTCACCACTGGACCGGGCCACGCTGACACTGGTGATGGTACCGTCCGGCAACATGTTGATCTGCAGGACCACCGTCATGCCCTCGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAg > 2:4775490/1‑151 (MQ=255) gTTCTTCACCGCAGCCACCGCCGAACTGTCATACGGGCCGTCACCACTGGACCGGGCCACGCTGACACTGGTGATGGTACCGTCCGGCAACATGTTGATCTGCAGGACCACCGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGccc > 1:2446400/1‑151 (MQ=255) ttcttcACCGCAGCCACCGCCGAACTGTCATACGGGCCGTCACCACTGGACCGGGCCACGCTGACACTGGTGATGGTACCGTCCGGCAACATGTTGATCTGCAGGACCACCGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCt < 2:3837123/151‑1 (MQ=255) tcttcACCGCAGCCACCGCCGAACTGTCATACGGGCCGTCACCACTGGACCGGGCCACGCTGACACTGGTGATGGTACCGTCCGGCAACATGTTGATCTGCAGGACCACCGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTc > 2:69647/1‑151 (MQ=255) tcACCGCAGCCACCGCCGAACTGTCATACGGGCCGTCACCACTGGACCGGGCCACGCTGACACTGGTGATGGTACCGTCCGGCAACATGTTGATCTGCAGGACCACCGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGc > 2:2347584/1‑151 (MQ=255) aCCGCAGCAACCGCCGAACTGTCATACGGGCCGTCACCACTGGACCGGGCCACGCTGACACTGGTGATGGTACCGTCCGGCAACATGTTGATCTGCAGGACCACCGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCcg < 2:2249294/151‑1 (MQ=255) cGCAGCCACCGCCGAACTGTCATACGGGCCGTCACCACTGGACCGGGCCACGCTGACACTGGTGATGGTACCGTCCGGCAACATGTTGATCTGCAGGACCACCGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCcgcg > 1:3342189/1‑151 (MQ=255) gCAGCCACCGCCGAACTGTCATACGGGCCGTCACCACTGGACCGGGCCACGCTGACACTGGTGATGGTACCGTCCGGCAACATGTTGATCTGCAGGACCACCGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCcgcgc > 1:1346591/1‑151 (MQ=255) 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ccGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAg < 1:2820047/151‑1 (MQ=255) cGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGt > 1:1261600/1‑151 (MQ=255) cGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGt < 2:2839474/151‑1 (MQ=255) gTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTg > 1:3694837/1‑151 (MQ=255) gTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTg > 2:200089/1‑151 (MQ=255) tCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGc < 2:1176602/151‑1 (MQ=255) cATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGCAATCGCCGGCCACCTGGTGACCCTGCTCGTCGACCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGCGGTATCGCACAACAGACCCGCCAGCGcc > 2:5017742/1‑151 (MQ=255) cATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGTGCCTGCTGCCGCTCGGCGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGcc > 2:4024829/1‑151 (MQ=255) tGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTg < 2:210289/151‑1 (MQ=255) tGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTg < 1:2273345/151‑1 (MQ=255) cccTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTggg > 1:4759603/1‑151 (MQ=255) cccTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTggg > 2:3009393/1‑151 (MQ=255) cccTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTggg > 2:1157504/1‑151 (MQ=255) ccTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGTTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGTTCACCCGGCTCGTCGGCCAGCTCCTGCTGCCGCTCTGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGc > 1:1612388/1‑151 (MQ=255) ccTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGc > 1:1093832/1‑151 (MQ=255) cTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCt > 1:4831856/1‑151 (MQ=255) cTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCt > 2:644216/1‑151 (MQ=255) cTTGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCCGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCt > 1:4474711/1‑151 (MQ=255) tGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCttt < 1:1735223/151‑1 (MQ=255) tGCGCGCGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCttt < 1:2443170/151‑1 (MQ=255) gcgcgcGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCTTTc > 2:4353175/1‑151 (MQ=255) gcgcgcGGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCTTTc > 1:298616/1‑151 (MQ=255) gcgGAAGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCTTTCTTGt < 2:3437463/151‑1 (MQ=255) aGGCGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCTTTCTTGtcttct < 1:1548172/151‑1 (MQ=255) cGGACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCTTTCTTGTCTTCTgcc < 1:5013555/151‑1 (MQ=255) ggACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCTTTCTTGTCTTCTgccg > 1:5050386/1‑151 (MQ=255) gACGCGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCTTTCTTGTCTTCTgccgc > 1:4721455/1‑151 (MQ=255) | GACCAATGTTCTTCACCGCAGCCACCGCCGAACTGTCATACGGGCCGTCACCACTGGACCGGGCCACGCTGACACTGGTGATGGTACCGTCCGGCAACATGTTGATCTGCAGGACCACCGTCATGCCCTTGCGCGCGGAAGGCGGACGTGCCCAGCCCTCGGCCGCGCGCATGCGGATCAGGTCGTCGAAATCGCCGGCCACCTGGTCACCCTGCTCGTCGGCCAGCGCCTGCTGCCGCTCGGTGGTATCGGACAACAGCTCGGCCAGTGCCTGGGCTTTCTTGTCTTCTGCCGC > CP009974/709142‑709436 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |