Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009974 | 1,133,174 | A→G | D243G (GAC→GGC) | RPPX_05020 → | tRNA 2‑selenouridine synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 1,133,174 | 0 | A | G | 96.1% | 928.9 / 17.0 | 279 | D243G (GAC→GGC) | RPPX_05020 | tRNA 2‑selenouridine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/7); new base G (147/121); total (151/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
AAAACCAGCTGGCAATCGACGTGCTGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGACAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCAACATCTACAAGCGTTT > CP009974/1133024‑1133321 | ggcgaGCTGGCAACCGGCGTGCTGATAAACGGCGGCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCa < 2:4783738/147‑1 (MQ=255) agcAGCTGGCAATCGACGTGCTGAAAAAGCGCGCGCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAGGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAg < 2:5135662/149‑1 (MQ=255) aCCAGCTGGCAATCGACGTGCTGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGACAg > 1:2562556/1‑151 (MQ=255) ccAGCTGGCAATCGACGTGCTGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGc < 1:1406890/151‑1 (MQ=255) gCTGGCAATCGACGTGCTGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTc < 1:3702203/151‑1 (MQ=255) gCTGGCAATCGACGTGCTGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTc > 1:2970912/1‑151 (MQ=255) aTCGACGTGCTGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAAcc < 2:1041986/151‑1 (MQ=255) aTCAACGTGATGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAAcc < 2:818015/151‑1 (MQ=255) cGACGTGCTGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTCGAAGGCAGCTTCACCAACcgc > 2:2198229/1‑151 (MQ=255) cGTGCTGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTg < 1:4693727/151‑1 (MQ=255) gTGCTGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGTGTTGTACTAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTgg > 1:1611773/1‑151 (MQ=255) cTGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAgc > 2:2741936/1‑151 (MQ=255) aaaaGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCAt > 2:4320570/1‑151 (MQ=255) aaaGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGGACTGGAAGATGAAGGCCGCATGGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATc < 2:2797731/151‑1 (MQ=255) aGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGTGTGGAGCGCAGCCt > 2:463684/1‑151 (MQ=255) aGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCt < 1:2704681/151‑1 (MQ=255) aGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCt < 2:1358000/151‑1 (MQ=255) gcgcgcCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTg < 1:2130469/151‑1 (MQ=255) 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tATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTg < 2:492019/151‑1 (MQ=255) aTCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTgg < 1:3468355/151‑1 (MQ=255) aTCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTgg > 2:4044637/1‑151 (MQ=255) cAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAAcc > 1:4368550/1‑151 (MQ=255) cAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAAcc > 1:4861688/1‑151 (MQ=255) cAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACAGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAAcc > 1:3936547/1‑151 (MQ=255) aGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCt < 2:1659055/151‑1 (MQ=255) gTTCGTACTGGCAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCCAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTg < 2:1437271/151‑1 (MQ=255) gTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTg < 2:931213/151‑1 (MQ=255) ttCGTGCTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGa < 1:4903294/151‑1 (MQ=255) tCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAg > 1:73451/1‑151 (MQ=255) tCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAg < 1:3769506/151‑1 (MQ=255) tCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAg > 1:5197488/1‑151 (MQ=255) tCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCCGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAg > 2:2144654/1‑151 (MQ=255) gTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAgcg > 2:596367/1‑151 (MQ=255) 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cATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCAtgctg > 1:121170/1‑151 (MQ=255) aTGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCAtgctgc > 2:2391687/1‑151 (MQ=255) aTGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCAtgctgc > 2:4830597/1‑151 (MQ=255) gcagcaTTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCag > 1:2266060/1‑151 (MQ=255) cagcaTTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCaga > 2:2342939/1‑151 (MQ=255) aTTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCAt > 1:1807059/1‑151 (MQ=255) ttACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGCGCGCATGCTGCAGAGCATg > 2:3622351/1‑151 (MQ=255) tACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATgg > 1:1100243/1‑151 (MQ=255) tACCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATgg < 1:3053356/151‑1 (MQ=255) aCCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGc > 2:315494/1‑151 (MQ=255) aCCCGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGc < 2:1240335/151‑1 (MQ=255) ccGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCa > 1:935507/1‑151 (MQ=255) ccGCTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCa > 1:4662313/1‑151 (MQ=255) cTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCAACa > 1:21161/1‑151 (MQ=255) cTGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCAACa < 2:97979/151‑1 (MQ=255) tGGTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCAACAt < 1:2801402/151‑1 (MQ=255) gTATGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCAACATCt > 2:2920591/1‑151 (MQ=255) aTGGCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTACCGAGCGCACGCTGCAGAGCATGGCCAACATCTAc > 2:4467930/1‑151 (MQ=255) ggCTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCAACATCTACaa > 2:3806712/1‑151 (MQ=255) cTTGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCAACATCTACAAGc > 1:3247977/1‑151 (MQ=255) ttGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCAACATCTACAAGCg > 2:495413/1‑151 (MQ=255) tGAAGGCAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCAACATCTACAAGCGt < 1:1426034/151‑1 (MQ=255) | AAAACCAGCTGGCAATCGACGTGCTGAAAAAGCGCGCCCGCGGTATCGGGCAGTTCGTACTGGAAGATGAAGGCCGCATTGTCGGCAGCTGCACGGTGCCGCTGGAGTTGTACCAAGGCATGCAGCATTACCCGCTGGTATGGCTTGAAGACAGCTTCACCAACCGCGTGGAGCGCATCCTGCGCGACTACGTGGTCAACCTGAGCGCCGAGTTCAAGGCCGTGCATGGCGAGGAAGACGGTCCCCGGCTGTTTGCCGAGCGCATGCTGCAGAGCATGGCCAACATCTACAAGCGTTT > CP009974/1133024‑1133321 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |