Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009974 | 1,160,779 | C→T | intergenic (+4302/‑10981) | RPPX_05120 → / → RPPX_05130 | hypothetical protein/channel protein TolC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 1,160,779 | 0 | C | T | 99.6% | 1012.3 / NA | 273 | intergenic (+4302/‑10981) | RPPX_05120/RPPX_05130 | hypothetical protein/channel protein TolC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (150/120); total (152/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
AACGCCTGAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATCGACAACAACGGCACCTCG > CP009974/1160631‑1160926 | aaCGCCTGAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAg < 1:2872880/151‑1 (MQ=255) aCGCCTGAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGc < 2:5158574/151‑1 (MQ=255) cGCCTGAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGcc < 1:266628/151‑1 (MQ=255) gCCTGAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCg > 2:1181634/1‑151 (MQ=255) cTGAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCgcg > 2:2997268/1‑149 (MQ=255) tGAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCACTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCgcgt < 2:3140371/151‑1 (MQ=255) gCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACTCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGa > 1:4154886/1‑151 (MQ=255) gCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGa < 1:2545751/151‑1 (MQ=255) 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cAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCatg < 1:3026932/151‑1 (MQ=255) aGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCatga < 1:2971146/151‑1 (MQ=255) accgaccAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCatgatg > 1:1718831/1‑151 (MQ=255) gaccAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTACCCGCGTGGAAGTCCATGATGCCa > 1:1637145/1‑151 (MQ=255) ccAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAAc > 1:4643396/1‑151 (MQ=255) 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gAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCa > 1:1384405/1‑151 (MQ=255) aaGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCAt < 1:1093030/151‑1 (MQ=255) aGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATc < 1:96969/151‑1 (MQ=255) tGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCgtggt > 1:2392076/1‑151 (MQ=255) gACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCTGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGCGCACGATGCCAACGGCACACTGGTTTGTAGCATCgtgtgt > 2:1093587/1‑148 (MQ=255) 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cagcaTCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTtgtg < 2:879621/151‑1 (MQ=255) agcaTCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTgg < 1:1504411/151‑1 (MQ=255) caTGAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCg < 2:251329/151‑1 (MQ=255) cAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATc < 1:4333058/151‑1 (MQ=255) cAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATc > 2:2399398/1‑151 (MQ=255) 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tCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATCGacaaca < 2:3558473/151‑1 (MQ=255) tCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATCGacaaca < 1:13367/151‑1 (MQ=255) cTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATCGAcaacaa > 1:4828980/1‑151 (MQ=255) tGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATCGACaacaac < 1:3292581/151‑1 (MQ=255) gCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATCGACAACAACg < 1:4061115/151‑1 (MQ=255) 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tgGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATCGACAACAACGGCACCtcg > 1:4499557/1‑151 (MQ=255) | AACGCCTGAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATCGACAACAACGGCACCTCG > CP009974/1160631‑1160926 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |