| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 1,896,148 | T→C | intergenic (‑3926/‑4671) | RPPX_08470 ← / → RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009974 | 1,896,148 | 0 | T | C | 91.0% | 5067.7 / inf | 2825 | intergenic (‑3926/‑4671) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (128/126); new base C (1287/1283); total (1415/1410) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2832 total aligned reads displayed.
GCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTC > CP009974/1895998‑1896298 | cgtCGGTGACCGCCGGGGTGGCGGGCAGCTTGGCCGCGACTTCATCGAGGCTGTCGGTGACATCCACTTTCGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGcc < 1:5161218/149‑1 (MQ=255) tGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATc > 2:2507974/1‑151 (MQ=17) caCCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATcc > 1:3003085/2‑151 (MQ=18) aCCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATcgt > 1:870828/1‑149 (MQ=9) cGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCACCCTgg > 2:607723/1‑151 (MQ=16) gggggTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAGGCGTCGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAg < 1:5052996/150‑1 (MQ=12) aGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAg > 2:4523369/1‑151 (MQ=18) ggggTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGa > 2:2298036/1‑151 (MQ=37) 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gcgtcgAGGGTGTCGGTCCCGTGCACCGAAGCCGCACCGCCCAACTGGAGGTTCGCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCAGCGTGGgtgt < 2:3741826/150‑1 (MQ=255) cgtcgagggtgTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTa > 1:3288846/8‑151 (MQ=12) cgtcgGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTa < 2:2625718/151‑1 (MQ=19) gtcgGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTAc < 2:1544268/151‑1 (MQ=255) cgagggtgTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACgg < 2:4442157/147‑1 (MQ=12) 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cggTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTc > 1:3212195/3‑151 (MQ=14) aGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAGGGTCACGATCAGGTCg < 2:526505/151‑1 (MQ=11) gTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAGGGTCACGATCAGGTCGt > 1:2901965/1‑151 (MQ=11) tGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTg > 1:1098083/1‑151 (MQ=14) tGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTg > 2:3476367/1‑151 (MQ=14) tGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAGGGTCACGATCAGGTCGTg > 1:4945727/1‑151 (MQ=11) ggCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGa < 1:2472590/151‑1 (MQ=11) ggCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATATGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAGGGTCACGATCAGGTCGTgg < 2:2423411/151‑2 (MQ=11) gCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCCTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCCCAGGGTCACGACCAACTCGTggg > 2:3390098/1‑149 (MQ=2) cGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGc < 2:5152258/151‑1 (MQ=11) gtctactgccgAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGcc > 2:3293733/8‑151 (MQ=11) tctaCCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCa > 2:891620/4‑151 (MQ=14) tCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCa < 2:1056112/151‑1 (MQ=14) taCCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGc < 1:1820830/150‑1 (MQ=14) cgAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTgg < 1:1532372/151‑1 (MQ=11) gATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCCCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGCTCACGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGagg > 2:3994300/1‑149 (MQ=14) tGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGaa > 2:1639531/1‑151 (MQ=14) | GCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTC > CP009974/1895998‑1896298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |