| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 1,896,150 | C→G | intergenic (‑3928/‑4669) | RPPX_08470 ← / → RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009974 | 1,896,150 | 0 | C | G | 91.0% | 5214.9 / inf | 2825 | intergenic (‑3928/‑4669) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (126/129); new base G (1286/1282); total (1413/1412) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 2832 total aligned reads displayed.
CGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGG > CP009974/1896000‑1896300 | ttCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGccc > 1:97886/1‑151 (MQ=14) gTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCAt < 1:3729618/151‑1 (MQ=9) tcaCCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATc > 1:881247/3‑151 (MQ=12) caCCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATcc > 1:3003085/2‑151 (MQ=18) aCCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCt < 1:126589/151‑1 (MQ=12) ccGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATcgtt < 2:318827/151‑4 (MQ=2) cGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCACCCTgg > 2:607723/1‑151 (MQ=16) gacggggTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTgat > 2:3295756/4‑149 (MQ=21) gAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTgat > 1:1368374/1‑149 (MQ=25) gAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGt > 1:4080231/1‑151 (MQ=12) gcggggTCGCGGTCGGCTTGGGCGCAGCTGCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTAGAACGTTGCGCCTGTGGCGTCTGCCGCCGAATTGCTGCCGAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTa < 2:4157279/149‑1 (MQ=12) cggggTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAg > 1:4779997/2‑151 (MQ=12) gggTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGCACCGAAGCCGCACCGCCCACCTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGAc < 2:4802660/151‑1 (MQ=37) gggTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGAc < 1:2261873/151‑1 (MQ=2) ggTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACg < 2:2220362/151‑1 (MQ=21) ggTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACg < 1:1203330/151‑1 (MQ=12) gtggcgGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGt < 2:381303/148‑1 (MQ=255) cgGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATc < 2:146530/151‑1 (MQ=12) 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gcgtcgAGGGTGTCGGTCCCGTGCACCGAAGCCGCACCGCCCAACTGGAGGTTCGCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCAGCGTGGgtgt < 2:3741826/150‑1 (MQ=255) cgtcgagggtgTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTa > 1:3288846/8‑151 (MQ=12) gtcgGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGGATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCtt > 1:549699/1‑134 (MQ=255) cgGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACgg < 1:423630/151‑1 (MQ=255) gagggtgTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGgc < 2:2810431/148‑1 (MQ=38) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |