| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009974 | 3,297,191 | +G | coding (158/921 nt) | RPPX_14685 ← | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 3,297,188 | 1 | . | G | 91.1% | 970.1 / 94.4 | 293 | coding (161/921 nt) | RPPX_14685 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (9/17); new base G (125/142); total (134/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
GGGTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GG‑GT‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGAC > CP009974/3297038‑3297334 | gggTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTAACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCa < 1:510123/151‑1 (MQ=255) ggTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑g < 1:5596150/151‑1 (MQ=255) ggTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑g < 2:4720785/151‑1 (MQ=255) gTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg > 2:3191900/1‑151 (MQ=255) gTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg > 2:3666692/1‑151 (MQ=255) ctcGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGTGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg‑ggg > 1:1547859/1‑149 (MQ=255) tcGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTCTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg‑gg‑‑gg > 2:5043366/1‑151 (MQ=255) gCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTCGGCGTACTGCTCGTCACCCAGCAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGCTGCACAGGGCAGGCTCCGCCA‑‑gg‑gg‑‑ggggtcc > 2:6439926/1‑147 (MQ=255) gCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg‑gg‑‑ggggtac > 1:3444988/1‑147 (MQ=255) tGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAg > 1:4412346/1‑151 (MQ=255) ggCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGa < 2:2118242/151‑1 (MQ=255) ggCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg‑gg‑‑ggggtacgga > 2:5680635/1‑144 (MQ=255) cATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAAc < 2:5938112/151‑1 (MQ=255) cATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAAc < 1:5468159/151‑1 (MQ=255) cATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAAc < 1:2658558/151‑1 (MQ=255) tCCAGCGGCACGGCACGGAGTGGCACGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGGGGGTCGGAGGAGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGGGTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGc < 2:3643118/151‑1 (MQ=255) tCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGc < 1:909276/151‑1 (MQ=255) tCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGc > 1:165196/1‑151 (MQ=255) 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cACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTc > 1:2108106/1‑151 (MQ=255) cGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCgg < 2:2466460/151‑1 (MQ=255) cGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCgg < 1:394440/151‑1 (MQ=255) ggCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGgt < 1:6407261/151‑1 (MQ=255) gCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGgtg > 2:6020450/1‑151 (MQ=255) 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ttttGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCa > 2:63456/1‑151 (MQ=255) ttGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGc < 2:4360750/151‑1 (MQ=255) ttGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GG‑GGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGc < 1:5209218/151‑1 (MQ=255) tgctgcCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGAACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCCTCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCt < 1:1045013/151‑1 (MQ=255) gcCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCATCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAg < 1:4640971/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |