| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1155977 = | 1 (0.000) | 385 (1.590) +GGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCC |
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| ? | CP009974 | = 1158685 | 395 (1.200) | intergenic (+2208/‑13075) | RPPX_05120/RPPX_05130 | hypothetical protein/channel protein TolC | |||||
Only 100 of 596 total aligned reads displayed.
GGCGGGGAACAGCGTGACGCTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009974/1156072‑1155977‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCTGTGGCGGGTCGAGGGT < CP009974/1158685‑1158536 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| tcCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTGGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCT < 2:1192100/149‑1 CAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCC < 1:504721/151‑1 atggTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCG > 1:6016209/5‑151 atggTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCG > 1:3491029/5‑151 gggTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGT < 2:4414884/148‑1 ggTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTT > 1:3059330/3‑151 ggTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCAACGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCCGATTGGTGGGGGCCTGCGGTCGCGTT > 2:4856235/3‑151 GAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTG > 2:3438967/1‑151 AAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCGCCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGAGCGCTGAGCTGGCTTCCGGCAGCGCCGAGCCCCCGCGTGGTCGAGGTCTCCAGCGGCGTTGGGT > 2:6089727/1‑151 AGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATGACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTC > 1:701827/1‑151 AGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTC < 1:3226983/151‑1 AGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTC > 1:3961811/1‑151 AGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTC < 1:2752538/151‑1 GGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCG > 1:1831655/1‑151 GTGCCGTCGGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGTTGTTGCCGCCGGCGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGC < 2:2499546/151‑1 TGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCC < 1:1474189/151‑1 TGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCC < 1:5800776/151‑1 CCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTAGAGCCGGCTTCGCCTCGACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGC < 2:2887847/151‑1 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ACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCG > 1:5546802/1‑151 ACCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCG > 2:5070779/1‑151 CCGCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCGCCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGC < 2:2302271/151‑1 GCTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCG > 1:632121/1‑151 CTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGT > 2:1537917/1‑151 CTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGT > 1:2360892/1‑151 CTGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGT < 2:5389085/151‑1 TGAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTC > 1:2705226/1‑151 GAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCT > 1:4943584/1‑151 GAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCT > 2:2195173/1‑151 GAGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCT < 2:6544590/151‑1 gGCTGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTA < 2:2079524/150‑1 TGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCCGCACTTCGCCGTCTACCT > 2:6433843/1‑151 TGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCT < 2:1851635/151‑1 TGGCTGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCT < 1:5440899/151‑1 TGCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCTGTGG < 1:4859125/151‑1 GCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCTGTGGC < 2:3634746/151‑1 GCCGGCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCTGTGGC < 1:5886403/151‑1 GCAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCTGTGGCGGGT < 2:5728345/151‑1 CAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCTGTGGCGGGTC > 1:3615339/1‑151 CAGCGCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCTGTGGCGGGTC > 1:1990761/1‑151 GCCGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCTGTGGCGGGTCTAGG > 1:567842/1‑151 CGATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCTGTGGCGGGTCTAGGGT < 2:4012221/151‑1 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GGCGGGGAACAGCGTGACGCTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009974/1156072‑1155977‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GATCACCAGATTGGTCGGGGCCTCCGGTGGCGTTGTGTCGCCGCCGTCGATGTCCGGCGCGGTAAGGTTATTGGCGGTGGAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTCACTTGCAGCACTTCGCCGTCTACCTGTGGCGGGTCGAGGGT < CP009974/1158685‑1158536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |