| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP009974 | 1154348 = | NA (NA) | 252 (1.020) +GCCGGTGAAGGTGACGCCATCGGCCAAGGCCAGGTCC |
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| ? | CP009974 | = 1155597 | 238 (0.720) | coding (2297/2580 nt) | RPPX_05115 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 606 total aligned reads displayed.
CGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACTTGGCCCTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTCGCGGCGAGCCCGGCTGGGATACGTTGCCGGCGGCATCCACCAGACGCACATCGAGTGCTTCACCATTGGCCTGGGCAGGCGACAGGGTGAGGCTGAACAGGCCGTCGGCATT > CP009974/1155447‑1155747 | cGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCgac < 1:217667/151‑1 (MQ=255) cgtcgctgcagatggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACcgacg > 1:6009843‑M1/41‑150 (MQ=255) tcgctgcagatggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGCCAACGCAACCgactga > 1:1242399‑M1/39‑151 (MQ=255) 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cGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccgg > 1:519834‑M2/1‑52 (MQ=255) ggCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcg > 1:5838987‑M2/1‑44 (MQ=255) tCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtg > 1:624816‑M2/1‑41 (MQ=255) tCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtg > 2:630180‑M2/1‑41 (MQ=255) gTCGCCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCGGAGCAACCGACggacctggccttggccgagggcggcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtgccg > 2:4129398‑M2/1‑38 (MQ=255) cagcgcggctgGCCTGGTGCCGCCAGGGCAACCGGCggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtgccgat > 2:2973620‑M2/6‑36 (MQ=255) ccTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcgccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtgccgatgg > 2:2746093‑M2/1‑34 (MQ=255) ccTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtgccgatgg < 2:6384253‑M2/151‑118 (MQ=255) ggCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtgccgatggcctg < 1:854859‑M2/151‑122 (MQ=255) tGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtgccgatggcctgttc < 1:2238665‑M2/151‑125 (MQ=255) gccgccCGACCAACCGACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtgccgatggcctgttcagcctcacc > 1:5976341‑M2/1‑18 (MQ=255) cgcccgaGCAACCGACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgcagccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtgccgatggcctgttcagcctcaccct > 1:1774727‑M2/1‑16 (MQ=255) cAACCGACTGACTTGGCCCTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTCGCGGCGAGCCCggtgc < 2:5743679/62‑4 (MQ=25) cAACCGACTGACTTGGCCCTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTCGCGGCGAGCCCGGcgc > 1:5743679/1‑60 (MQ=18) cGACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgttcggcaccggtgtcgtcggtgccgatggcctgttcagcctcaccctgtcccctgcccc < 2:550215‑M2/151‑148 (MQ=255) gACggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtgccgatggcctgttcagcctcaccctgtcgcctgcccag > 1:330430‑M2/1‑3 (MQ=255) cggacctggccttggccgatggcgtcaccttcaccggccgcggcgagcccggtgctaccgtgcaggtgcgcgatgctgccgccaacctgatcggcaccggtgtcgtcggtgccgatggcctgttcagcctcaccctgtcgcctgcccaggc > 2:1487153‑M2/1‑1 (MQ=255) | CGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACTTGGCCCTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTCGCGGCGAGCCCGGCTGGGATACGTTGCCGGCGGCATCCACCAGACGCACATCGAGTGCTTCACCATTGGCCTGGGCAGGCGACAGGGTGAGGCTGAACAGGCCGTCGGCATT > CP009974/1155447‑1155747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |