| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1896077 = | 3209 (9.750) | 607 (2.070) +CGCGAAAGTGGATGTC |
109/268 | 5.5 | 28.7% | intergenic (‑3855/‑4742) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| ? | CP009974 | = 1898007 | 172 (0.520) | intergenic (‑5785/‑2812) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1855 total aligned reads displayed.
GTCACACCTTTGAGAACCTGGAACTGGGTGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTAGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGC > CP009974/1897857‑1898148 | tgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccggctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCCGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGt > 1:189482‑M2/96‑151 (MQ=255) ccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgaccgaaggGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCa > 2:160622‑M2/108‑151 (MQ=255) cgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGAc > 1:3255194‑M2/93‑151 (MQ=255) gtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACt > 2:1510957‑M2/92‑151 (MQ=255) gtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccatctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgcctTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACt > 1:3071697‑M2/92‑151 (MQ=255) gtcggtcagcgtgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACt < 2:6456128‑M2/46‑1 (MQ=255) cggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTg > 1:5762010‑M2/90‑151 (MQ=255) cggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTCCATCGAGGGTGGCGGtgacatc > 2:3695613‑M2/90‑148 (MQ=255) cggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTg < 2:562293‑M2/62‑1 (MQ=255) ggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgctggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgaccgaaggGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGa > 2:5928169‑M2/103‑151 (MQ=255) ggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaagccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtgaccgaaggGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGa < 2:380805‑M2/49‑1 (MQ=255) ggtcagcttgaagtaaagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtgaccgacggGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGgtgacatcc > 1:3976334‑M2/103‑147 (MQ=255) gtcagcttgaagtacagctccgggtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCggtgacatcca < 2:2577059‑M2/64‑6 (MQ=255) 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cgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGAcc < 1:2498503‑M1/86‑1 (MQ=255) cgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGAcc > 2:607773‑M1/66‑151 (MQ=255) cgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGAcc > 2:2432327‑M1/66‑151 (MQ=255) cgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGAcc > 2:5201692‑M1/66‑151 (MQ=255) gtctttgttggtgagggtgatggtggaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGGAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTTACCg < 2:5378760‑M2/108‑1 (MQ=255) 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GTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGc < 1:2624044‑M1/151‑1 (MQ=255) CAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGccc > 2:1942210‑M1/1‑151 (MQ=255) CAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGccc < 1:2720895‑M1/151‑1 (MQ=255) cacgttttCGTCGAGAGTGTCGGTCTCTTGAAACGAAGCAGCACCGCCCAGTTCCAGGTTCTCAAAAGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTTATCGCCCTGTGcgtcg < 2:3453126/145‑1 (MQ=11) caccacTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCGCCCAGTTCCAGGTTCTCGAAGGTGTGACCGTCTACATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCAGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGcgtcg < 2:2742558/151‑1 (MQ=11) CACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGcgtcg > 2:3260091‑M1/1‑151 (MQ=255) CGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTg > 2:499654‑M1/1‑151 (MQ=255) caCTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGAAGCACCGCCAAGTTCCAGGTTCTCGAAGGTGTGACCGTCTACATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCGTgg < 1:390803/150‑1 (MQ=11) TTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCGCCCAGTTCCAGGTTCTCGAAGGTGTGACCGTCTACATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCAGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCGTGGgtg > 2:3368847‑M1/1‑151 (MQ=255) TTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGgtg > 1:5511445‑M1/1‑151 (MQ=255) TTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGgtg < 1:3145971‑M1/151‑1 (MQ=255) TTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGCCATCGCCCTGGGCGCCGCGGgtg < 2:1769450‑M1/151‑1 (MQ=255) TCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGgtgt < 1:5170356‑M1/151‑1 (MQ=255) TCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCCCCCTGTGCGTCGTGGgtgt < 1:6274778‑M1/151‑1 (MQ=255) CGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTa > 2:4913675‑M1/1‑151 (MQ=255) CGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTa > 1:1007285‑M1/1‑151 (MQ=255) tcgAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACg < 1:4483420/151‑1 (MQ=33) tcgAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACg < 1:2985026/151‑1 (MQ=33) cgAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACgg > 2:1414170/1‑151 (MQ=32) gAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCGCCCAGTTCCAGGTTCTCGAAGGTGTGACCGTCTACATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCAGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGgc > 2:2704949/1‑151 (MQ=11) gAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGgc < 2:2073054/151‑1 (MQ=31) | GTCACACCTTTGAGAACCTGGAACTGGGTGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTAGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGC > CP009974/1897857‑1898148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |