| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| MC JC | CP009974 | 2,913,100 | Δ2,603 bp | RPPX_12970–[RPPX_12980] | RPPX_12970, RPPX_12975, [RPPX_12980] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | CP009974 | 2913100–2915698 | 2915702 | 5–2603 | 308 [10] | [0] 299 | RPPX_12970–[RPPX_12980] | RPPX_12970,RPPX_12975,[RPPX_12980] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 2913099 | 10 (0.030) | 284 (0.910) | 176/286 | 0.3 | 98.4% | intergenic (+953/+106) | RPPX_12965/RPPX_12970 | GABA permease/ATPase AAA |
| ? | CP009974 | 2915703 = | 0 (0.000) | coding (34/267 nt) | RPPX_12980 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
TCCTGCGTGGCTGCCTGCCAGAAAAGTGTCCGGATGACCGTGGAGTCGGTGTCCGGATGCTCGTGGAATGAGTGTCCGGATCAGCGTGGAATCACTGTCCGGATGCGCGTGGAATGGGTGTCCGAGTCAGCGTGGAATCCGCAGTCATGGGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCGCTTGCTTGGCGTGTTGCTGAATGTTGGCGAGTGGGCGTGCATAGGCCTGCTGCCGTTTGTTGCGGTTGCTGCCATCTGGCTGGTGACTCAAACCAACT > CP009974/2915553‑2915853 | tcgggtgctggcgtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggg > 2:3091538‑M2/151‑151 (MQ=255) gggtgctggcgtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGc < 1:1966047‑M2/3‑1 (MQ=255) ggtgctggcgtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCa > 1:6344851‑M2/148‑151 (MQ=255) 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tggcgtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGt < 2:891483‑M2/9‑1 (MQ=255) tggcgtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGt > 1:3011127‑M2/143‑151 (MQ=255) cgtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTgca > 1:4539370‑M2/140‑151 (MQ=255) cgtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgctgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTgca < 1:1660768‑M2/12‑1 (MQ=255) gtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTgcag < 1:4833391‑M2/13‑1 (MQ=255) gtgtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTgcag < 1:3646501‑M2/13‑1 (MQ=255) gtcaaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTgcaggg > 1:2036904‑M2/137‑151 (MQ=255) aaaatgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTgcagggcag < 2:2300761‑M2/18‑1 (MQ=255) atgcgtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGAc > 2:5165519‑M2/131‑151 (MQ=255) gtcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTgg < 2:4626245‑M2/25‑1 (MQ=255) tcgcggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGa < 1:868807‑M2/26‑1 (MQ=255) ggattgcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGtt > 1:5312395‑M2/122‑151 (MQ=255) gattgcaagtattagctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTc < 2:729924‑M2/31‑1 (MQ=255) gcaggtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTcgcgc < 1:105112‑M2/35‑1 (MQ=255) gtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTg > 2:5733917‑M2/113‑151 (MQ=255) gtattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTg < 1:5154167‑M2/39‑1 (MQ=255) tattatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGc < 1:4175813‑M2/40‑1 (MQ=255) attatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCg < 2:2005887‑M2/41‑1 (MQ=255) attatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagcgttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCg < 1:5750941‑M2/41‑1 (MQ=255) tatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGAc > 2:1888924‑M2/109‑151 (MQ=255) tatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGAc > 1:1224775‑M2/109‑151 (MQ=255) tatctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGAc > 2:3784263‑M2/109‑151 (MQ=255) atctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACg < 1:1670300‑M2/44‑1 (MQ=255) ctcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCt < 2:2742563‑M2/46‑1 (MQ=255) tcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTa > 2:4584456‑M2/105‑151 (MQ=255) tcaatctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctataactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTa > 2:4927082‑M2/105‑151 (MQ=255) tctgtcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAAc > 1:5704943‑M2/101‑151 (MQ=255) tgtcgaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCg > 2:5384065‑M2/99‑151 (MQ=255) tcaaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCgct > 2:1241460‑M2/97‑151 (MQ=255) caaaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCgctt < 1:6476602‑M2/56‑1 (MQ=255) aaatttcgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCgcttgc < 1:967458‑M2/58‑1 (MQ=255) atttcgctgttgcagcgttctaagttttggatgaagatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCgcttgctt < 2:3299228‑M2/60‑1 (MQ=255) cgctgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCGCTTGCTTGGCg < 1:4586573‑M2/64‑1 (MQ=255) tgttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCGCTTGCTTGGCgtgt > 2:5068846‑M2/85‑151 (MQ=255) gttgcagctttctaagttttggatgaaaatgccgccgcatggagcgagatatggatgagctggggtctatcactacgtcatggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCGCTTGCTTGGCGTGtt > 1:614234‑M2/84‑151 (MQ=255) 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catggGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCGCTTGCTTGGCGTGTTGCTGAATGTTGGCGAGTGGGCGTGCATAGGCCTGCTGCCGTTTGTTGCGGTTGCTGCCATCTGGCTGGTGACTCAAAc < 1:4770949‑M2/146‑1 (MQ=255) ggCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCGCTTGCTTGGCGTGTTGCTGAATGTTGGCGAGTGGGCGTGCATAGGCCTGCTGCCGTTTGTTGCGGTTGCTGCCATCTGGCTGGTGACTCAAACCAACt < 1:1427420/151‑1 (MQ=255) | TCCTGCGTGGCTGCCTGCCAGAAAAGTGTCCGGATGACCGTGGAGTCGGTGTCCGGATGCTCGTGGAATGAGTGTCCGGATCAGCGTGGAATCACTGTCCGGATGCGCGTGGAATGGGTGTCCGAGTCAGCGTGGAATCCGCAGTCATGGGGCAGCGGTGCAGGGCAGGACGTGGATGTTCGCGCGCTGCGACGCTACAACCGCTTGCTTGGCGTGTTGCTGAATGTTGGCGAGTGGGCGTGCATAGGCCTGCTGCCGTTTGTTGCGGTTGCTGCCATCTGGCTGGTGACTCAAACCAACT > CP009974/2915553‑2915853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |