| Predicted mutation | ||||||
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| MC JC | CP009974 | 5,273,059 | Δ2,603 bp | RPPX_23450–[RPPX_23460] | RPPX_23450, RPPX_23455, [RPPX_23460] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| * | * | ÷ | CP009974 | 5273059–5275656 | 5275661 | 6–2603 | 307 [2] | [0] 304 | RPPX_23450–[RPPX_23460] | RPPX_23450,RPPX_23455,[RPPX_23460] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 5273058 | 2 (0.010) | 287 (0.920) | 170/286 | 0.5 | 99.7% | intergenic (‑275/+106) | RPPX_23445/RPPX_23450 | transporter/ATPase AAA |
| ? | CP009974 | 5275662 = | 0 (0.000) | coding (38/1266 nt) | RPPX_23460 | GntR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
GCGTGGCTGCCTGCCAGAAAAGTGTCCGGATGACCGTGGAGTCGGTGTCCGGATGCTCGTGGAATGAGTGTCCGGATCAGCGTGGAATCACTGTCCGGATGCGCGTGGAATGGGTGTCCGAGTCAGCGTGGAATCCGCAGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCGCCAGTCTCTTGACAC > CP009974/5275516‑5275812 | ggacggaacgcgtattcgaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctatgAAAgg > 2:3188108‑M2/147‑151 (MQ=255) gacggaacgcgtattcgaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctatgAAAGGt < 1:4307663‑M2/6‑1 (MQ=255) gggaacgcgtattcgaactgtcgtgggtgaactgcaggcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcggcagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctatgAAAGGTTg < 2:5108102‑M2/8‑1 (MQ=255) cggaacgcgtattcgaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctatgAAAGGTTg < 2:5962667‑M2/8‑1 (MQ=255) ggaacgcgtattcgaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctatgAAAGGTTGa < 2:2436608‑M2/9‑1 (MQ=255) gcgtattcgaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgcggcctatgAAAGGTTGATGgcc > 2:3273961‑M2/138‑150 (MQ=255) cgtattcgaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctatgAAAGGTTGATGGCTg > 2:3756362‑M2/137‑151 (MQ=255) attcgaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctatgAAAGGTTGATGGCTGAgg < 2:406009‑M2/18‑1 (MQ=255) attcgaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctatgAAAGGTTGATGGCTGAgg > 2:1857692‑M2/134‑151 (MQ=255) tgcgaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctatgAAAGGTTGATGGCTGAggg < 2:1648024‑M2/19‑1 (MQ=255) tcgaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctaggAAAGGTTGATGGCTGAGGgt > 2:5567093‑M2/132‑151 (MQ=255) cgaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctatgAAAGGTTGATGGCTGAGGgtg < 1:1040629‑M2/21‑1 (MQ=255) gaactgtcatgggtgaaatccagtcgcggatagcctctcgaacctacacaccaggcgcaagaattccctcggtgcgtgcgatggctcagaccatgcaggtgtcggtttctacggtgcttgaggcctatgAAAGGTTGATGGCTGAGGgtgt > 2:286966‑M2/130‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |