| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009974 | 1,896,121 | 0 | C | T | 67.8% | 2272.5 / inf | 4004 | intergenic (‑3899/‑4698) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (502/511); new base T (1076/1061); total (2034/1970) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 4018 total aligned reads displayed.
GGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGC > CP009974/1895971‑1896271 | aGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAAccg > 1:5829431/1‑151 (MQ=2) gTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTAccgccg > 1:3798527/1‑151 (MQ=17) tGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAAtt < 1:4569781/151‑1 (MQ=21) 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ttCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCa > 1:3450286/1‑151 (MQ=11) ctcGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAgg > 1:1120864/1‑151 (MQ=14) ctcGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAgg < 1:5470300/151‑1 (MQ=9) tcGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAggg < 2:4927579/151‑1 (MQ=14) tcGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAggg > 2:127971/1‑151 (MQ=9) tcGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGCTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGGCTTGTTGCTCAggg > 2:5071199/1‑151 (MQ=17) tcGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCACGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAggg < 1:3351121/151‑1 (MQ=14) tcGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAggg > 2:4053296/1‑151 (MQ=255) cGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAGGGt > 1:64439/1‑151 (MQ=14) gaacgttgcgcCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTc > 1:1680330/8‑151 (MQ=9) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |