| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009974 | 2,867,069 | G→A | intergenic (‑156/+60) | RPPX_12750 ← / ← RPPX_12755 | lipoyl synthase/DNA polymerase III subunit delta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 2,867,069 | 0 | G | A | 94.4% | 1239.2 / 36.4 | 376 | intergenic (‑156/+60) | RPPX_12750/RPPX_12755 | lipoyl synthase/DNA polymerase III subunit delta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/9); new base A (181/173); total (193/183) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-03 | |||||||||||
Only 100 of 376 total aligned reads displayed.
TTCCCGGGTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCACGGCGAACCTTCAGCCTGCCCT > CP009974/2866921‑2867216 | gggTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTg > 1:1816603/1‑151 (MQ=255) ggTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTgg > 2:4726709/1‑151 (MQ=255) ggTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTgg > 1:3524307/1‑151 (MQ=255) 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gcgAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCgcgc < 1:5446575/151‑1 (MQ=255) gAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCa > 1:2103690/1‑151 (MQ=255) aTACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAgg < 2:1256592/151‑1 (MQ=255) tACGGTGGCGGCGTCAACAGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa < 2:1484448/80‑1 (MQ=255) tACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGc < 2:3064130/151‑1 (MQ=255) ggTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCaa > 1:5535224/1‑151 (MQ=255) gTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAAt > 1:4432670/1‑151 (MQ=255) gTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAAt > 1:3136514/1‑151 (MQ=255) tGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCaagc > 2:5047632/1‑149 (MQ=255) ggcggcgtcAACAGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTcg > 1:2465834/1‑56 (MQ=11) gcggcggcAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCa < 1:297828/151‑1 (MQ=255) cggcggcAACGGTGAACGGCGGGTAGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCAc > 1:4088716/1‑151 (MQ=255) 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TTCCCGGGTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCACGGCGAACCTTCAGCCTGCCCT > CP009974/2866921‑2867216 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |