Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009974 | 3,079,418 | C→T | intergenic (+46/+85) | RPPX_13695 → / ← RPPX_13700 | membrane protein/LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 3,079,418 | 0 | C | T | 99.7% | 1195.9 / NA | 326 | intergenic (+46/+85) | RPPX_13695/RPPX_13700 | membrane protein/LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (167/158); minor base G (0/1); total (167/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
TCAGAGCCGTGGCCTGGGCAGCAGCCAGCCGGTGGCGGACAACCGCACCAGTGCAGGGCGTACCGAGAACCGTCGGGTGTCCATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAACGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGGCGCATTCGCCTCGGT > CP009974/3079270‑3079565 | tCAGAGCCGTGGCCTGGGCAGCAGCCAGCCGGTGGCGGACAACCGCACCAGTGCAGGGCGTACCGAGAACCGTCGGGTGTCCATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAAtgc < 2:2266415/151‑1 (MQ=255) agagCCGTGGCCTGGGCAGCAGCCAGCCGGTGGCGGACAACCGCACCAGTGCAGGGCGTACCGAGAACCGTCGGGTGTCCATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCgg < 2:2066276/151‑1 (MQ=255) agCCGTGGCCTGGGCAGCAGCCAGCCGGTGGCGGACAACCGCACCAGTGCAGGGCGTACCGAGAACCGTCGGGTGTCCATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGcc > 1:6041286/1‑151 (MQ=255) ccGTGGCCTGGGCAGCAGCCAGCCGGTGGCGGACAACCGCACCAGTGCAGGGCGTACCGAGAACCGTCGGGTGTCCATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTg > 1:3658461/1‑151 (MQ=255) ggCCTGGGCAGCAGCCAGCCGGTGGCGGACAACCGCACCAGTGCAGGGCGTACCGAGAACCGTCGGGTGTCCATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCAc < 1:1570688/151‑1 (MQ=255) ggCCTGGGCAGCAGCCAGCCGGTGGCGGACAACCGCACCAGTGCAGGGCGTACCGAGAACCGTCGGGTGTCCATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCAc > 1:3097926/1‑151 (MQ=255) gCCTGGGCAGCAGCCAGCCGGTGGCGGACAACCGCACCAGTGCAGGGCGTACCGAGAACCGTCGGGTGTCCATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCAcc > 1:2045166/1‑151 (MQ=255) gCCTGGGCAGCAGCCAGCCGGTGGCGGACAACCGCACCAGTGCAGGGCGTACCGAGAACCGTCGGGTGTCCATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCAcc > 1:2118032/1‑151 (MQ=255) 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tggccATCGTGGTAGGGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAg < 2:5548265/148‑1 (MQ=255) ccATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATgcgcgagcc > 1:4314261/1‑146 (MQ=255) ccATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGcc < 1:5914347/151‑1 (MQ=255) aTCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCa > 1:4774943/1‑151 (MQ=255) gTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCa < 1:1120622/151‑1 (MQ=255) 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gcaTAGCCCCTGTAGGCGCGGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCGAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATca < 2:4533679/150‑1 (MQ=255) acaTATCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATca < 1:2750521/151‑1 (MQ=255) tCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAAt < 2:5159422/151‑1 (MQ=255) tCCCCTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAAt > 1:339971/1‑151 (MQ=255) cccTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATgg < 2:2819533/151‑1 (MQ=255) ccTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGgc < 1:6227881/151‑1 (MQ=255) ccTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGgc > 2:1045113/1‑151 (MQ=255) ccTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGgc < 2:2520071/151‑1 (MQ=255) cTGTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGgcg < 1:5199371/151‑1 (MQ=255) gTAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGGCGCa > 1:933592/1‑151 (MQ=255) tAGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGGCGCAt > 1:2904961/1‑151 (MQ=255) aGGCGCTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGGCGCAtt < 1:628500/151‑1 (MQ=255) gcTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGGCGCATTCGcc < 1:3216684/151‑1 (MQ=255) gcTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGGCGCATTCGcc < 1:6537366/151‑1 (MQ=255) cTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTCCAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCGCATCAGCCCTGGGCAAAGCGCAGCTCGCGGGTTTGCCCCACCAACAAGGGCGCATGCGccc > 2:6439930/1‑150 (MQ=38) cTGGCAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGGCGCATTCGCCt < 2:6316157/151‑1 (MQ=255) cAATGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGGCGCATTCGCCTCGGt < 1:4839673/151‑1 (MQ=255) | TCAGAGCCGTGGCCTGGGCAGCAGCCAGCCGGTGGCGGACAACCGCACCAGTGCAGGGCGTACCGAGAACCGTCGGGTGTCCATCGTGGTTGCGTCCTACTGATCGTTGCCGCTCGGGCTGTCACATATCCCCTGTAGGCGCTGGCAACGCGGCCTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGGCTGTGTTGCCTTCGGAAATGCGCAGGCCCATCAGTCCTGGGCAAAGCGCATCTCGCGGGTTTGCCCCATCAACAATGGCGCATTCGCCTCGGT > CP009974/3079270‑3079565 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |