Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 3,161,709 | T→C | intergenic (+115/+136) | RPPX_14090 → / ← RPPX_14095 | RND transporter/short‑chain dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 3,161,709 | 0 | T | C | 97.7% | 1035.8 / 7.6 | 347 | intergenic (+115/+136) | RPPX_14090/RPPX_14095 | RND transporter/short‑chain dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/5); new base C (164/173); total (169/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
GTTTGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAATCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGC > CP009974/3161561‑3161855 | tttGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCcaccac > 2:1995797/1‑151 (MQ=255) tttGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCAc > 1:1363390/1‑151 (MQ=255) tgatgaGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCg < 1:6319721/151‑1 (MQ=255) atgaGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAGCCACCGAt > 1:5932664/1‑151 (MQ=255) atgaGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGAt < 1:5613529/151‑1 (MQ=255) gaGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGAtgt < 1:950296/151‑1 (MQ=255) gaGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGAtgt < 1:3155366/151‑1 (MQ=255) ggcagcCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGAtgtg < 2:6087473/150‑1 (MQ=255) gcagcCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGAtgtgt < 2:5495246/151‑1 (MQ=255) ccGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTcc > 1:895720/1‑151 (MQ=255) gCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTccac < 1:1797718/151‑1 (MQ=255) aGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTccacca > 2:4472705/1‑151 (MQ=255) aGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCGGCGCCAAACGACCGAAGCGCGTccacca > 1:5187884/1‑151 (MQ=38) 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(MQ=11) cGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCAGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTaaac < 2:3043729/151‑4 (MQ=11) cGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCAGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTaaac < 2:228059/151‑4 (MQ=11) gCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCAGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTaaacg < 2:1467343/151‑5 (MQ=11) tCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCAGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTaaacggc < 1:122130/151‑7 (MQ=11) acggcgGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCT‑GTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATc < 1:6451467/151‑1 (MQ=11) 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gtccAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCT‑GTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCggg < 1:2356487/149‑1 (MQ=255) | GTTTGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAATCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGC > CP009974/3161561‑3161855 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |