Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009974 | 3,566,025 | T→G | intergenic (‑154/+160) | RPPX_15935 ← / ← RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 3,566,025 | 0 | T | G | 95.7% | 1207.1 / 25.4 | 370 | intergenic (‑154/+160) | RPPX_15935/RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/9); new base G (174/179); total (182/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
GTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCG > CP009974/3565878‑3566171 | gtCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgc > 1:4983536/1‑151 (MQ=255) gtCTCCAGCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGGGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgc < 2:5053410/151‑1 (MQ=255) gctcCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgcc < 1:2590215/150‑1 (MQ=255) tcCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgccgg > 2:5790606/1‑150 (MQ=255) ccATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgccggc < 1:648400/151‑3 (MQ=255) cATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgccggcg < 2:3755720/151‑1 (MQ=255) aTCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgccggcgc < 1:1560105/151‑1 (MQ=255) aTCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgccggcgc > 2:3419387/1‑151 (MQ=255) tttGAGTGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCAcc < 2:4801161/151‑1 (MQ=255) tttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCAcc < 2:3693010/151‑1 (MQ=255) tttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCAcc > 1:683685/1‑151 (MQ=255) tGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGt > 2:251310/1‑151 (MQ=255) gatgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTcc > 2:1285598/1‑150 (MQ=255) ttgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTcgc < 2:150294/150‑1 (MQ=255) cGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTaaa < 1:5031315/151‑1 (MQ=255) gTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAc > 1:3000400/1‑151 (MQ=255) ccccGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAccc < 2:4102549/151‑1 (MQ=255) cccGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCg > 2:1907470/1‑151 (MQ=255) ccGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGTGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCTTGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGTCACCGTATTCGCGGGTAACCCCGc > 1:422088/1‑151 (MQ=37) ccGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGc > 1:827347/1‑151 (MQ=255) cGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCt < 1:3687266/151‑1 (MQ=255) ggAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTc > 2:138252/1‑151 (MQ=255) gAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 2:1178950/1‑151 (MQ=255) gAGCGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCCTGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCCGGCAAGCCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCCTCTTCGCCCGCACACCCGcccc > 2:5906727/1‑151 (MQ=25) gTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 1:4527063/1‑151 (MQ=255) tCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAcaca < 1:4681608/151‑1 (MQ=255) cACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 2:4215258/151‑1 (MQ=255) aCGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTACACCCGCTCCTccatcga > 2:1071630/1‑147 (MQ=37) cgcgGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGAt < 2:1130486/151‑1 (MQ=255) gcgGTGCGTCGTGAGGTCGTCGTCAGAGTGGGCAGCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGAtt < 2:468963/151‑1 (MQ=25) cgGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATtg > 1:59729/1‑151 (MQ=255) gtcgtGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATtggtggtg < 2:5606579/151‑1 (MQ=255) tGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGaca < 1:5397660/151‑1 (MQ=255) gAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGTTAAACCCGCCCCTACCCAGATTGTGGGTGGacac > 2:2156571/1‑151 (MQ=25) gAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGacat < 1:5817282/151‑2 (MQ=255) aGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGacata < 1:2286791/151‑3 (MQ=255) tcCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCgg < 1:6408483/151‑1 (MQ=255) ccTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGa < 2:4001514/151‑1 (MQ=255) ccTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGa < 2:1928446/151‑1 (MQ=255) cTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGAATGGTGGTGCACCTACATCCGAg > 2:4464915/1‑151 (MQ=21) cacaGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGt > 1:1029838/1‑151 (MQ=255) cacaGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGt < 2:3144114/151‑1 (MQ=255) acaGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATGTCCACCCGCCGTGCACCGGTGCCGGCGCGACCGCATTCGCGGGCAAACCCGCTCCTACACAGCTTGGTGGTGGACATACCTCGGAGGTg > 2:6528085/1‑151 (MQ=37) 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aCCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCGCCACAGCTTGGTGGTGGACATACATCGGACGTGGGACACAgg > 1:3076139/1‑151 (MQ=18) gTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACGGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGTTGGTGGACATACATCGGAGGAGGGACACAGGCcgtcg > 2:5130131/1‑151 (MQ=18) tGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTTTTCGCGCGTAGACCCGCTCCTCCACGCCTTCGTGGTGGACGTACATCGTAGGTGGGACAGAGGCcgttgc > 1:1328727/1‑148 (MQ=18) tGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGa > 2:4951642/1‑151 (MQ=255) tGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGa < 1:1095117/151‑1 (MQ=255) gCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGc > 2:915985/1‑151 (MQ=255) cTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCg > 1:3397680/1‑151 (MQ=255) tGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCgg < 1:5124090/151‑1 (MQ=255) cGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGt < 1:3287280/151‑1 (MQ=255) cGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTACCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTGGACATACATCGGCGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCgggc > 2:6300460/1‑150 (MQ=17) ggCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGtt < 2:2013174/151‑1 (MQ=255) ggCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGtt > 2:2959536/1‑151 (MQ=255) cGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 1:5453456/1‑151 (MQ=255) gCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa > 1:1433723/1‑151 (MQ=255) aaGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 1:1761421/151‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |