Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 3,566,031 | C→G | intergenic (‑160/+154) | RPPX_15935 ← / ← RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 3,566,031 | 0 | C | G | 95.6% | 1193.9 / 23.9 | 362 | intergenic (‑160/+154) | RPPX_15935/RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/9); new base G (169/177); total (176/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 376 total aligned reads displayed.
CATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCGCATCTC > CP009974/3565883‑3566177 | aTCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgccggcgc > 2:3419387/1‑151 (MQ=255) tCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgccggcgcc < 1:4601716/151‑1 (MQ=255) tttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCAcc < 2:3693010/151‑1 (MQ=255) tttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCAcc > 1:683685/1‑151 (MQ=255) ttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCg < 1:5543993/151‑1 (MQ=255) ttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCg > 2:5513460/1‑151 (MQ=255) tGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGt > 2:251310/1‑151 (MQ=255) aaTGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTAt < 1:4779881/151‑1 (MQ=255) aaTGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTAt < 1:5187764/151‑1 (MQ=255) gatgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTcc > 2:1285598/1‑150 (MQ=255) cGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTaaa < 1:5031315/151‑1 (MQ=255) cGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTaaa < 1:3394651/151‑1 (MQ=255) gTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAc > 1:3000400/1‑151 (MQ=255) ccccGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAccc < 2:4102549/151‑1 (MQ=255) cccGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCg > 2:1907470/1‑151 (MQ=255) ccGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCgt > 1:422288/1‑150 (MQ=255) ccGGAATGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGc < 2:4605025/151‑1 (MQ=255) ggAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTc > 2:138252/1‑151 (MQ=255) gAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 2:1178950/1‑151 (MQ=255) tGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac < 2:648470/151‑1 (MQ=255) ggTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTaca < 1:4963840/151‑1 (MQ=255) aCGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTACACCCGCTCCTccatcga > 2:1071630/1‑147 (MQ=37) cgcgGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGAt < 2:1130486/151‑1 (MQ=255) cgcgGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGAt > 1:2224429/1‑151 (MQ=255) cgcgGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGAt < 2:1504479/151‑1 (MQ=255) gcgGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGCtt > 2:4186115/1‑151 (MQ=255) ggTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAGTTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATtgg > 1:4335040/1‑151 (MQ=255) gTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTACACCCGCTCCTACACAGATtggg > 1:1755305/1‑150 (MQ=255) gTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATtggt < 1:2037860/151‑1 (MQ=255) ggCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATTGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATtggtg < 2:466497/150‑1 (MQ=255) gCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATtggtgg > 1:1675110/1‑151 (MQ=255) gtcgtGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATtggtggtg < 1:6378131/151‑1 (MQ=255) tGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGaca < 1:5397660/151‑1 (MQ=255) gAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGTTAAACCCGCCCCTACCCAGATTGTGGGTGGacac > 2:2156571/1‑151 (MQ=25) aGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGacata < 1:2286791/151‑3 (MQ=255) ggTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGacatac < 2:1917513/151‑1 (MQ=255) cgtcCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATc > 2:6167334/1‑151 (MQ=255) tcCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCgg < 1:4275880/151‑1 (MQ=255) tcCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCgg < 1:2114396/151‑1 (MQ=255) tcCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCgg < 1:1890129/151‑1 (MQ=255) cTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAg < 1:6448696/151‑1 (MQ=255) cacaGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGt < 2:3144114/151‑1 (MQ=255) cacaGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGt > 1:1029838/1‑151 (MQ=255) 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aCCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCGCCACAGCTTGGTGGTGGACATACATCGGACGTGGGACACAgg > 1:3076139/1‑151 (MQ=18) gTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGCCAGGTCGTGGACACACATCGGAGGCGCGACACCGGccgccg > 2:4780261/1‑151 (MQ=18) tGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTTTTCGCGCGTAGACCCGCTCCTCCACGCCTTCGTGGTGGACGTACATCGTAGGTGGGACAGAGGCcgttgc > 1:1328727/1‑148 (MQ=18) tGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGa < 1:1095117/151‑1 (MQ=255) ggCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGCTTGGTGGTGGACATACCTCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGCAGGAg > 2:6275454/1‑151 (MQ=17) ggCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAg > 2:5136307/1‑151 (MQ=255) ggCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAg < 1:3971648/151‑1 (MQ=255) gCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGc > 2:915985/1‑151 (MQ=255) ggCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGtt > 2:2959536/1‑151 (MQ=255) ccTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGATTGGTGGTGGACATACATCGCAGGTGGGCCACCGGCCGTCGTAGGAGCGGGtttc > 2:1966748/1‑150 (MQ=18) 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ctgctgGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTCGGACACCGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGCGGCCGGTGCt > 2:5215893/1‑151 (MQ=14) cggctgGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACGTTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCt < 2:5051094/149‑1 (MQ=17) tgctgGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTg > 1:1585912/1‑151 (MQ=255) tgGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGcg > 2:4837372/1‑150 (MQ=255) ggCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAg > 2:2780364/1‑151 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |