Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009974 | 542,045 | T→C | intergenic (‑306/+223) | argD ← / ← RPPX_02300 | acetylornithine aminotransferase/AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 542,045 | 0 | T | C | 94.8% | 315.1 / 4.4 | 115 | intergenic (‑306/+223) | argD/RPPX_02300 | acetylornithine aminotransferase/AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/6); new base C (15/94); total (15/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ATCGCGCAGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGATATCGAGGCATGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTACCCG > CP009974/541897‑542189 | aTCGCGCAGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgctt < 2:280485/151‑1 (MQ=255) tCGCGCAGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgcttg < 1:3759408/151‑1 (MQ=255) cgcgCAGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgcttgt < 1:3239110/151‑1 (MQ=255) gcgcAGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgcttgtt < 2:4422845/151‑1 (MQ=255) cggaGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGATCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgcttgttt < 1:2507179/148‑1 (MQ=255) gcAGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTc > 2:676953/1‑151 (MQ=255) cAGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCg < 1:4220331/151‑1 (MQ=255) ggtggACGGGAGAGGGGGGGGCTGGGGGAAAGGGTGATCACACAGGATTGTGCGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCgg < 2:4092945/150‑1 (MQ=37) gtgtACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCggg < 1:4657779/151‑1 (MQ=255) gtgtACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCggg < 1:4151853/151‑1 (MQ=255) gtgtACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCggg < 2:3198805/151‑1 (MQ=255) gtgtACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCggg > 1:3381266/1‑151 (MQ=255) gtggACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCggg < 2:4593337/151‑1 (MQ=255) tgtACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGc > 1:1037672/1‑151 (MQ=255) gtACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGcc < 1:990574/151‑1 (MQ=255) tACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCa > 2:497899/1‑151 (MQ=255) tACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCa < 1:1003271/151‑1 (MQ=255) aCGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAg > 1:2749944/1‑151 (MQ=255) cGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGt < 1:535830/151‑1 (MQ=255) gagggGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCcctc < 2:3503655/151‑1 (MQ=255) gagagGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCcctc < 1:3315770/151‑1 (MQ=255) gagagGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCcctc < 1:891946/151‑1 (MQ=255) agagGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCcctcc < 1:3327417/151‑1 (MQ=255) gggggggCTGGGTGAGCGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCtg < 2:4600319/150‑1 (MQ=255) agGGGGGCGGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCtg < 2:4600267/151‑1 (MQ=255) ggggggCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCtgc < 2:4446907/151‑2 (MQ=255) ggggggCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCtgc < 1:5596179/151‑2 (MQ=255) ggggggCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCtgc < 1:4253838/151‑2 (MQ=255) gggCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGcc < 2:4467590/151‑1 (MQ=255) gggCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGcc < 1:4956178/151‑1 (MQ=255) ggCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGccc > 2:5606409/1‑150 (MQ=255) ggCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGccc < 2:2574867/151‑2 (MQ=255) cTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCgg < 2:4200198/151‑1 (MQ=255) ggTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGgcgc < 1:676953/151‑1 (MQ=255) gTGGACTGGTTTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGGGCCGCCGGCGCGGCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGGTGCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGgcgcg < 2:473048/151‑1 (MQ=21) gTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGgcgcg > 2:4558315/1‑151 (MQ=255) gTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGgcgcg > 2:4544606/1‑151 (MQ=255) tGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGgcgcgc < 2:5450940/151‑1 (MQ=255) gAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGgcgcgcg < 2:1322045/151‑1 (MQ=255) aaCGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGgcgcgcgc < 2:779518/151‑1 (MQ=255) aCGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGcgcgcgcg < 1:577338/151‑1 (MQ=255) aCGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGcgcgcgcg < 1:5790318/151‑1 (MQ=255) cGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGa < 1:4558315/151‑1 (MQ=255) ggTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGAcc < 2:2023665/151‑1 (MQ=255) ggTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGAcc < 1:32062/151‑1 (MQ=255) gtgtTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCg > 1:3365134/1‑151 (MQ=255) gtgtTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCg < 1:2555060/151‑1 (MQ=255) tgtTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGc < 2:3365134/151‑1 (MQ=255) tCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCtt < 1:1522932/151‑1 (MQ=255) cacacaGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCttg < 2:4833049/151‑1 (MQ=255) acacaGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGAcc > 1:5969452/1‑144 (MQ=255) acaGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCttgttt < 2:625701/151‑1 (MQ=255) ttGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTtcga < 1:6409941/151‑1 (MQ=255) ttGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTtcga < 2:5540772/151‑1 (MQ=255) tgtgAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTtcgac > 1:3553026/1‑151 (MQ=18) ggtgAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTtcgac < 2:2128398/150‑1 (MQ=18) gtgAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGCCCGCCTTGTTTGTtcgacg > 2:3828930/1‑151 (MQ=18) gtgAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTtcgacg < 1:968381/151‑1 (MQ=18) gtgAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTtcgacg < 2:2049086/151‑1 (MQ=18) tgAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTtcgacgg < 1:2488163/151‑2 (MQ=18) ggggACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGat < 2:2749944/151‑1 (MQ=18) ggACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGatat < 1:5345295/151‑1 (MQ=18) ggACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGatat < 2:3083254/151‑1 (MQ=18) ggACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGatat < 1:5427732/151‑1 (MQ=18) aCAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCg > 2:2902108/1‑151 (MQ=17) tGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAggtgt < 1:4394828/151‑4 (MQ=17) tGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAggtgt < 1:5240683/151‑4 (MQ=17) tGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAggtgt < 2:3280355/151‑4 (MQ=17) tGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAggtgt < 2:3281194/151‑4 (MQ=17) ggTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAggtgt < 2:3346110/150‑4 (MQ=17) gTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAggtgtg < 1:1220467/151‑5 (MQ=17) gTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAggtgtg < 1:3777902/151‑5 (MQ=17) aCGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAggtgtgcg < 1:3536528/151‑7 (MQ=17) aCGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAggtgtgcg < 1:2686686/151‑7 (MQ=17) gCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGGGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCa < 1:2712364/151‑1 (MQ=14) gATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAg < 1:688319/151‑1 (MQ=14) gATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAg < 1:536255/151‑1 (MQ=14) gATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAg < 1:5617892/151‑1 (MQ=14) gATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAg < 1:6289258/151‑1 (MQ=14) gATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAg < 1:2833822/151‑1 (MQ=14) aTGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAgg < 1:5530348/151‑1 (MQ=14) ttGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGt < 1:4516514/151‑1 (MQ=14) ttGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGt < 1:223373/151‑1 (MQ=14) ggATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGtt < 2:4215284/150‑1 (MQ=14) gATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTc < 1:6051069/151‑1 (MQ=14) tgtgTCGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTcgc < 1:3231737/151‑1 (MQ=11) gtgtTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTcgcg < 1:3654188/151‑1 (MQ=11) tgtTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTcgcgc < 1:2821053/151‑1 (MQ=11) tGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCa < 1:1943197/151‑1 (MQ=11) gCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCaaa < 1:3725168/151‑1 (MQ=11) cGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAAt > 2:5617581/1‑151 (MQ=11) tagtgaTCGAGCGCCGCCCGAGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCACCAGTCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGATATCGAGACATGCGCCAAGGCGGTCGCGCGCAAAtcc < 2:2039311/147‑3 (MQ=1) gggAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGc < 1:3578539/151‑1 (MQ=11) ggAGCTCGAGGGCCGCCCGGGCGGCGCTTCGCGGGTGAGCCCGCTCCTACGCGTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGcc < 2:6244409/151‑1 (MQ=11) gcgggcgcCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCATCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGATATCGAGGCATGCACCAAGGCGTTCGCGCGCAAATCCCACAgg < 2:5775045/147‑1 (MQ=1) gaagcccGCGCCGGCGCTTGGTTCGGGCGAGTCCCGCCTGCGGCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGGGTGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGca < 2:5083287/147‑2 (MQ=1) aaccccGCTCCTCCGTGTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTGGTACGACGCGATATCGAGACAGGCACCAAGGCGTTCGCGCGCGAATCCCACAGGCATAATTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCgg < 2:3798679/148‑1 (MQ=1) aaccccGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGcag < 1:4786093/148‑3 (MQ=1) aatccGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCATCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGTTATCGAGGCATGCACCAAGGCGTTCGCGCGCAAATCCCACAGGCATAATTGGCCTGTTACAATCGTAGGTGCggg < 2:5147399/148‑1 (MQ=1) gccccgaCGTTTGTGCCGGGCCACCCCCCCCTGCGCCAGTCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCCACATCGAGACATGCGCCAAGGCGGTCGCGCGCAAATCCCACAGGAATAATTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:1663145/145‑1 (MQ=1) | ATCGCGCAGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGATATCGAGGCATGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTACCCG > CP009974/541897‑542189 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |