| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 3,585,070 | C→G | intergenic (+210/+13) | RPPX_16020 → / ← RPPX_16025 | hypothetical protein/diguanylate phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 3,585,070 | 0 | C | G | 96.7% | 764.3 / 9.5 | 245 | intergenic (+210/+13) | RPPX_16020/RPPX_16025 | hypothetical protein/diguanylate phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/6); new base G (155/82); total (157/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TGGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATC > CP009974/3584924‑3585217 | tgGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctg > 2:2675937/1‑151 (MQ=255) ggCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctgc > 1:3308702/1‑151 (MQ=255) gCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctgct > 1:1598613/1‑151 (MQ=255) ccAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctgctg > 2:357746/1‑151 (MQ=255) cAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTgg > 1:1141884/1‑151 (MQ=255) aTCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGcc > 1:173520/1‑151 (MQ=255) ctcCACCCGTCGGTCGCCGTTGTGGCCGCTACTGTAGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGGGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAt < 1:204297/151‑1 (MQ=18) tcCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAtt > 2:2400660/1‑151 (MQ=255) 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ccgggcCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCAt > 2:5941203/1‑151 (MQ=255) ccgggcCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCAt > 1:5367220/1‑151 (MQ=255) | TGGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATC > CP009974/3584924‑3585217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |